[CP2K] Metadynamics计算自由能时偏置势与配位数CV的关系如何理解

[复制链接 Copy URL]

JCenter

236 帖子	0 威望	1227 eV

积分: 1463

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

发消息 Send PM

电梯直达 Go to

楼主

发表于 Post on 2025-6-17 17:35:37 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

|正序浏览 |阅读模式 Reading model

我们在使用metadynamics计算过程的自由能时，一般会设置CVs，常用的有距离和配位数。对于配位数而言，如果计算的是中心原子A外B原子的配位数，那么产生的metddynLog文件中配位数的数值很容易理解，即A和B原子之间的配位数。如果是A原子外配位多个原子（B、C、D......），是按方程作加和得到的配位数。在添加偏置势时，如何理解呢，偏置势是平均作用在A与每个配位原子上的距离r上，最终使加和配位数变化；还是偏置势根据系统的运动，仅对最可能进行配位的原子比如B，,即对A和B之间的距离r进行作用，最终使配位数数值变化呢

收藏 Add to favorites0

目前专攻：
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] Metadynamics计算自由能时偏置势与配位数CV的关系如何理解

浏览过的版块