蛋白和配体的gmx_MMPBSA跑出来的结合能-220kj/mol是不是异常结果？

rinz · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 rinz 于 2025-8-6 00:52 编辑

结合能绝对值正常范围是多少，我这种-220KJ的是不是异常数据

rinz · 发表于 Post on 6 day ago

本帖最后由 rinz 于 2025-8-8 21:01 编辑

这是我配体和蛋白的结构，还有MMPBSA最后10ns的数据

jackshoulder · 发表于 Post on yesterday 12:57

本帖最后由 jackshoulder 于 2025-8-11 13:01 编辑

-220kj/mol约等于−52.6 kcal/mol，从你提供的药物与蛋白结合的构象来看，结合的挺紧密的，能达到−52.6 kcal/mol的结合自由能，在小分子药物与蛋白中属于很强的结合了。这并不能说明是错误的结果，只能说你当前动力学轨迹下，此结合自由能是这样（前提是你计算结合自由能时，方法，电荷，熵计算等都是合理的，另外上述有友友提到，至少计算100帧进行统计，其实在计算配置够的情况下，尽可能的计算更多帧进行统计。另外不要只看总的结合自由能值，我记得gmx_MMPBSA这个程序计算结束后，会有gmx_MMPBSA_ana这个程序进行分析，各个残基的贡献，以及总结合自由能在各个能量分项上的贡献，都去看一下，检查是否合理）

另外，我做出来的很多体系里边，蛋白与药物结合自由能也有达到-40kcal/mol的情况，这种一般都是带电体系，或者小分子药物比较大，且在当前的轨迹中，小分子药物与蛋白上多个氨基酸均形成相互作用（氢键，π-π，范德华），这种情况下结合自由能就会很高的。在你的体系中，药物被蛋白包裹的很好，多个氨基酸均与小分子相互作用了，不排除计算出来的结合自由能较高的情况。建议你在MMPBSA方法下做个残基能量分解。

rinz · 发表于 Post on 前天 14:49

student0618 发表于 2025-8-9 01:52
小分子如何处理的？用什么力场？

小分子是用sobtop处理的力场选的AMBER

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

rinz 发表于 2025-8-8 21:03
PDB文件上传不了，我把配体mol2文件上传了

过大的文本文件压缩后再上传或者传网盘，置顶的社员必读贴里明确说了

student0618 · 发表于 Post on 3 day ago

小分子如何处理的？用什么力场？

rinz · 发表于 Post on 4 day ago

wbqdssl 发表于 2025-8-6 20:29
建议直接把加氢的mol2或pdb文件放上来

PDB文件上传不了，我把配体mol2文件上传了

rinz · 发表于 Post on 4 day ago

student0618 发表于 2025-8-6 20:22
是没加氢还是hide了？

加氢又跑了一遍结合能还是很大

wbqdssl · 发表于 Post on 6 day ago

rinz 发表于 2025-8-6 20:18
老师我把蛋白和配体的结构置顶了您能帮我看一下是否合理吗

建议直接把加氢的mol2或pdb文件放上来

student0618 · 发表于 Post on 6 day ago

rinz 发表于 2025-8-6 20:18
老师我把蛋白和配体的结构置顶了您能帮我看一下是否合理吗

是没加氢还是hide了？

rinz · 发表于 Post on 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:33
根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系 ...

老师我把蛋白和配体的结构置顶了您能帮我看一下是否合理吗

rinz · 发表于 Post on 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:33
根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系 ...

好的，谢谢老师。

dodobird1 · 发表于 Post on 7 day ago

wbqdssl 发表于 2025-8-5 22:43
想请问一下为什么你说跟体系大小有关系，你的意思是在MM-PBSA计算中体系大小会影响计算结果的数量级吗。 ...

致歉，我当时说的不是很准确，严格来说就是看有哪些相互作用的位点，虽然大体系理论上结合位点会偏多一点，但是如果你的小体系可以找到多个强相互作用能、自己拿可视化软件证实了这一点的话也是没有问题的。这个真的只能具体情况具体看

wbqdssl · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 wbqdssl 于 2025-8-5 22:53 编辑

dodobird1 发表于 2025-8-5 17:44
关于你的结果，你运行的是多大的体系？或者说，算的是什么类型、什么样的体系的结合能？
比如说说极端点， ...

想请问一下为什么你说跟体系大小有关系，你的意思是在MM-PBSA计算中体系大小会影响计算结果的数量级吗。对于同一个蛋白靶点，有两个IC50或Ki相差1000倍以上（甚至10000倍）的配体（配体原子数可能只差十几个），理论上说结合自由能会差很多。而这种情况下体系大小差别并不大，怎么解释呢？
此外，在我实际计算时，体系是不带电配体（60原子左右）和蛋白结合（九千多原子），算出来过很大的结合能（此图中是amber14sb，也有一些用CHARMM36M也能到-80甚至-90kcal/mol），如下图。但是我的配体和蛋白形成了接近五个强氢键，两到三个pi-pi stacking和其他一些疏水作用，这种的你认为正常吗？

mmpbsa_all.in (8.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 7 day ago

根据实际配体和蛋白的相互作用特征去思考是合理还是不合理，有哪些氢键、盐桥、pi-pi堆积等作用，根据体系特征观察清楚，从而评判这个数量级是否合理。光给出个数值，缺乏对体系结构和相互作用特征的具体描述，没人能确切告诉你是否合理。怕描述不清楚就直接把结构文件作为附件上传。
这就跟问诸如pi-pi堆积有多强一个道理，苯-苯之间的pi-pi作用和两层大片石墨烯之间的pi-pi作用根本不是一个数量级的（参考：《谈谈pi-pi相互作用》http://sobereva.com/737），像是pi-pi作用达到100kJ/mol既可能是算错了也可能本来就是那么强。

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