如何根据单体smiles建立聚合物分子

dodobird1

如题，我现在有一些单体的smiles，每个单体上面有两个“*”原子标注连接点，如何用rdkit把这种单体连接成一个聚合物分子，输出sdf或者pdb？

wyatt_salt

我是用这个package的function做的https://github.com/RadonPy/RadonPy/tree/develop。它是为lammps开发的，输入单体smiles，可以输入lammps input文件。基于他改一改完全可以在gromacs里用。

JasonTtheGOAT

enhanced Monte Carlo

dodobird1

那离线的python或者是命令行的软件有推荐吗

slxc920113

AuToFF的2D聚合物建模，可以傻瓜式地实现你的需求。

GoldenBaby

dodobird1 发表于 2025-8-19 20:46
有没有不是代码、不用在线的实现呢？
我这边为了试验用ai写了一个最后会不能生成分子坐标（不知为何），然 ...

那就用M$呗，虽然那个功能我使用体验挺一般的，不过也算是个方法。

dodobird1

有没有不是代码、不用在线的实现呢？
我这边为了试验用ai写了一个最后会不能生成分子坐标（不知为何），然后就只能用随机坐标生成一团

王纪峰

生成过程本身并不简单，在算法层面是比较复杂的，不过的确可以使用RDKit实现，尤其是对端点和连接方式的处理。

王纪峰

请查看该帖：可生成任意聚合度线形聚合物结构、拓扑以及电荷的在线程序
http://bbs.keinsci.com/thread-55201-1-1.html

dodobird1

(1)最普通的聚合物，只有一个单体，没有其他特殊要求；
(2)用python，需要pipeline
(3)输出结构最好能简单优化一下
(4)不保证

谢谢！

Uus/pMeC6H4-/キ

虽然不是直接回答问题，但感觉楼主可以给描述补充一些前提条件，比如(1)有没有一维或高维周期性、聚合度、等规/间规/无规之类的要求，(2)工作流是否确实限制只能用rdkit及python的工具还是也允许借助其他建模软件，(3)输出文件能不能用其他格式以及除结构外还要不要拓扑，(4)会不会因数据规模较大、结构复杂等因素导致smiles转结构后人工检查结构合理性不现实，等等。

细化需求之后找像http://bbs.keinsci.com/thread-24122-1-1.html和最近刚发的http://bbs.keinsci.com/thread-55201-1-1.html这样的现成解决方案也更容易些。