求助对单链蛋白使用pdb2gmx命令产生的拓扑文件，加入配体gro文件后配体与蛋白质脱离

Drucula · 发表于 Post on 2025-9-4 21:08:47

各位老师，我在模拟1AZ8（牛胰岛素与双苯胺抑制剂）复合物过程中，对蛋白质进行pdb2gmx命令后，得到了topol.top、protein.gro和posre.itp文件，之后按照卢天老师在Gromacs培训班中所讲的步骤，将配体的gro文件加入到protein.gro文件末尾，保存为complex.gro后，使用VMD作图发现配体与蛋白质脱离了。并且在将配体的itp文件引入整体的topol.top文件时，发现topol.top文件中没有“Include chain topologies”语句，这是否与该蛋白质是单链有关？由于进行pdb2gmx命令后，得到的是posre.itp文件,与实例中的“topol_Protein_Chain_A.itp”文件不同，所以有点迷茫之后将配体的itp文件引入整体的topol.top文件的步骤如何进行。配体与蛋白质的脱离是否影响之后的模拟。

Drucula · 发表于 Post on 2025-9-5 20:35:20

sobereva 发表于 2025-9-5 10:40
complex.gro里配体和蛋白的原子坐标有明显重叠，显然粘贴到gro里的配体的坐标和最初复合物里的坐标不符，必 ...

感谢老师，我再认真检查一下。

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-5 10:40:58

complex.gro里配体和蛋白的原子坐标有明显重叠，显然粘贴到gro里的配体的坐标和最初复合物里的坐标不符，必须修正。检查每一步，搞清楚坐标不符的来源

蛋白质只有一条链的时候，不会产生itp文件，蛋白质的定义直接在top里体现了。培训里就有单链蛋白质的例子，例如1OMB

不要管有没有itp文件，培训里强调了，只看拓扑文件全都展开后有什么内容

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[GROMACS] 求助对单链蛋白使用pdb2gmx命令产生的拓扑文件，加入配体gro文件后配体与蛋白质脱离

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