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[Sobtop] 为什么我在用sobtopo生成的H2PO4-多了两个键?

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为什么我在用sobtopo生成的H2PO4-的gro文件多了两个键?本来是图一这样的,为什么用sobtop生成gro文件后多了两个键啊?

202509051415323903..png (69.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

图二 之后的

图二 之后的

202509051414074119..png (69.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

图一 之前的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-6 18:47:28 | 只看该作者 Only view this author
xsc6 发表于 2025-9-5 23:15
没有叫sobtopo的软件
仔细看http://sobereva.com/534

好的,打的时候打错了,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-6 18:46:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-6 15:42
好好把此文看了,搞清楚VMD判断成键的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://soberev ...

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-6 18:45:46 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-9-5 15:42
sobtop拼错了
gro文件又不包含键连关系,itp文件没错的话就没啥问题

好的,应该就是原子之间距离太近了,VMD自动判断为成键了

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发表于 Post on 2025-9-6 15:42:02 | 只看该作者 Only view this author
好好把此文看了,搞清楚VMD判断成键的逻辑
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html

VMD是怎么显示的跟sobtop产生的拓扑文件根本没丝毫联系,sobtop又不会修改你提供给sobtop的输入文件里的几何结构。把逻辑想清楚,避免胡乱联想
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-9-5 23:15:18 | 只看该作者 Only view this author
没有叫sobtopo的软件
仔细看http://sobereva.com/534
不羡大神不羡仙,努力学习每一天

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发表于 Post on 2025-9-5 15:42:17 | 只看该作者 Only view this author
sobtop拼错了
gro文件又不包含键连关系,itp文件没错的话就没啥问题

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