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[Gaussian/gview] 使用超算提交Gaussian计算任务时结果报错,此时超算作业状态显示计算完成

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本帖最后由 总是学不会 于 2025-9-7 17:07 编辑

最后面的输出日志是这样的,请问哪里出了问题
Problem with file /home/u2024111447/share/zy/g16/l1.exe omode 33261 compare 7.
/var/spool/slurm/d/job477628/slurm_script: line 13: 45112 Segmentation fault      (core dumped) $HOME/share/zy/g16/g16 CH4.gjf

202509071629437110..png (64.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

超算操作界面

超算操作界面

202509071626422389..png (15.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

提交脚本

提交脚本

202509071625256908..png (12.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

输入文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 16:19:28 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-9-9 15:59
out文件中写的很清楚了:
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory a ...

已经算出结果了,太谢谢您了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 16:08:40 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-9-9 15:59
out文件中写的很清楚了:
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory a ...

已经是可以了,太谢谢您了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 16:00:21 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-9-9 15:59
out文件中写的很清楚了:
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory a ...

好的好的,我去试试

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发表于 Post on 2025-9-9 15:59:10 | 只看该作者 Only view this author
总是学不会 发表于 2025-9-9 14:59
用g16 < test.gjf > test.out后面还输出了一个out文件

out文件中写的很清楚了:
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
把你的g16目录权限改为750即可

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 14:59:33 | 只看该作者 Only view this author
用g16 < test.gjf > test.out后面还输出了一个out文件

CH4.out

114 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 14:56:28 | 只看该作者 Only view this author
把运行的指令写成g16 < test.gjf > test.out的形式还是会报错

202509091453598032..png (21.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202509091453598032..png

slurm-477777.out

570 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 14:49:11 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-9-8 22:11
1. 把报错的输出文件整个上传看一下
2. 用ls -l检查g16相关目录的权限
3. 把运行的指令写成形如g16 < t ...

g16文件中权限都是-rwxr-xr-x,后面文件名颜色是紫色的应该是文件夹,权限都是drwxr-xr-x

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 14:44:09 | 只看该作者 Only view this author
这个就是报错的输出文件,和之前是一样的

slurm-477776.out

206 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2025-9-8 22:11:11 | 只看该作者 Only view this author
总是学不会 发表于 2025-9-8 16:30
问了管理员就是让我自己去调试,调试完了之后又让我去学习集群相关知识,太难搞了

1. 把报错的输出文件整个上传看一下
2. 用ls -l检查g16相关目录的权限
3. 把运行的指令写成形如g16 < test.gjf > test.out的形式试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 16:30:44 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-9-8 16:04
如果是平台要求你这样写slurm脚本的话,建议你询问管理员。

问了管理员就是让我自己去调试,调试完了之后又让我去学习集群相关知识,太难搞了

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发表于 Post on 2025-9-8 16:04:29 | 只看该作者 Only view this author
如果是平台要求你这样写slurm脚本的话,建议你询问管理员。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 14:44:50 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2025-9-8 11:30
%nproshared这种写法是能认的吗?

我后面改成了%nprocshared输出日志还是一样的
Problem with file /home/u2024111447/share/zy/g16/l1.exe omode 33261 compare 7.
/var/spool/slurm/d/job477686/slurm_script: line 13: 44059 Segmentation fault      (core dumped) $HOME/share/zy/g16/g16 CH4.gjf

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发表于 Post on 2025-9-8 11:30:12 | 只看该作者 Only view this author
%nproshared这种写法是能认的吗?
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 09:58:38 | 只看该作者 Only view this author
这应该和使用教程是一样的,我就是把复制路径变了一下

202509080956072829..png (90.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202509080956072829..png

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