使用gview在可视化的状态下把大分子拉直

牧生

在社长的博文中（http://sobereva.com/594）讲述了如何把分子拉直。

但是，如果我不知道首尾端是什么，或者不知道首尾端原子编号，就无从下手。最傻瓜最简单的方法是使用Avogadro在可视化状态进行拉直，但是对于较大的分子，使用Avogadro就很难实现。

其实，gview也可以达到相同的方法，比如我有一个像毛线团一样的聚合物，不知道首尾端在哪里。



随便点两个原子，将他们之间的距离设大一些，比如100




确定以后，点击clean，让gview自动的优化，即可实现像从毛线团中抽线头的效果。如果分子被拉的不直，或者不符合自己的预期，可以换几个原子拉伸。



最终的效果如图，可以很清楚的找到首尾端。


gview的速度比Avogadro快，一般的笔记本，拉伸如上1000原子的聚合物，也只花了两三分钟。

Uus/pMeC6H4-/キ

话说GaussView扫把按钮的Clean功能是否受原子连接关系（载入文件里的或者自动由原子间距判断的）影响来着，以及能不能很好兼容周期性边界条件（特别是跨越盒子边界的成键）呢？