【Qbics-MolStar教程1】软件安装与可视化

coolrainbow

大家好，我在这里想推广一下我们开发的分子可视化与建模软件Qbics-MolStar，欢迎大家安装使用！

Qbics-MolStar基于开源程序Mol*开发，但是我们在上面做了海量的二次开发工作，包括几乎1：1复刻了GView的分子建模功能，并提供了Multiwfn接口和人工智能模块等大大方便了用户使用，使它几乎支持所有的化学对象可视化（分子、轨迹、波函数甚至正在开发的粗粒化模型）。作者作为长期一线的计算化学研究人员，在开发过程中提供的功能兼容计算化学以往的大部分经验（如VMD选择语法、Pymol选择语法、GaussView建模界面等、Multiwfn选项等），从而大大降低学习门槛。

程序提供网页版和Windows桌面版，前者用浏览器打开即用（手机都可以），后者绿色安装，可以在线升级。软件在不断开发中，欢迎大家提出宝贵意见。我们将根据用户的建议随时改进！

立即使用：http://molstar.szbl.ac.cn/viewer/

部分效果请参见：Qbics-MolStar Gallery — ZHANG Jun's Website documentation

Qbics-MolStar教程（不断更新中）：Qbics-MolStar教程 — Qbics-MolStar 1.0 documentation

也请大家关注下我们开发的量子化学程序Qbics: http://zhjun-sci.com/qbics

1.1. 访问与安装

使用Qbics-MolStar有两种方式：

• 直接在线访问链接：https://molstar.szbl.ac.cn/viewer

• 安装安装包：

  • 点击链接进入Qbics-MolStar网站界面：https://molstar.szbl.ac.cn/download/

  • 点击如图所示位置执行下载：

    
    
  
  

1.2. 分子可视化：本地文件

当前支持文件格式包括：.top，.cif，.gjf，.inp，.mol，.xyz，.pdb，.mwfn，.mol2等等，具体介绍详见https://molstar.szbl.ac.cn/docs/use/。

用户可以通过两种方式实现已知分子坐标的可视化（以.pdb为例）：

• 直接拖拽文件至Qbics-MolStar界面，即可实现可视化：

  
  

• 选择保存在本地的文件：

  • 点击下方红框按钮，选择希望可视化的文件。

    
    

  • 双击选中的文件（此处为c60.pdb）使其加载至Qbics-MolStar：

    
    

  • 点击 Apply，使Qbics-MolStar开始渲染体系，实现可视化：

    
    

  • 效果如下：

    
    
  
  

1.3. 分子可视化：在线下载PDB

Qbics-MolStar可以从多种途径下载分子坐标并渲染可视化。以下以PDB为例。

• 在Qbics-MolStar中键入PDB Id，如 6AP4：

  
  

• 点击 Apply，要求Qbics-MolStar实现可视化：

  
  

• 效果如下：

  
  

1.4. 分子可视化：SMILES代码

Qbics-MolStar还可以根据SMILES, PubChem等导入数据。我们选择SMILES代码作为另一可视化示例。

• 修改Source为SMILES而非默认PDB：

  
  

• 作为本次尝试的SMILES示例，键入要求填写SMILES的位置： [H]C(=O)N1C(CNC2=CC=C(C=C2)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)CNC2=C1C(=O)NC(N)=N2:

  
  

• 点击 Apply，要求Qbics-MolStar实现可视化：

  
  

• 效果如下：

  
  

lanthanum

https://blog.csdn.net/m0_37816922/article/details/139454812
和这个有点像啊？

coolrainbow

influenza 发表于 2025-9-25 10:45
请问能打开高斯运行任务的输出文件吗？ xxx.log 我这里打开就软件卡住只能关掉。

ORCA和Gaussian等输出文件的识别以后会加上去

coolrainbow

Assiduitas 发表于 2025-9-30 11:19
大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进 ...

已经放到任务列表了

coolrainbow

Huschein 发表于 2025-10-15 09:38
请问是否有第一作者和通讯作者的联系方式呢？我在想是否可以私下交流一下？

zhangjun@szbl.ac.cn

coolrainbow

Assiduitas 发表于 2025-9-30 11:19
大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进 ...

现在就引用：

Qbics-MolStar, Rongfa Bai, Yunfei Li, Jun Zhang.

就行。正式文章出来后再说。

Huschein

请问是否有第一作者和通讯作者的联系方式呢？我在想是否可以私下交流一下？

watfros

能支持orca的输出文件吗

Assiduitas

Assiduitas 发表于 2025-9-30 11:19
大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进 ...

找到修改原子原色的模块了，楼主厉害！

Assiduitas

大佬，如果用你们这软件作图。怎么引用你们的成果呢？有已发表的论文吗？.
有个疑惑：参考sob老师的帖子进行波函数分析，比如ELF函数这种，multiwfn可以显示极值点，该可视化软件能不能进行类似的展示。以及IRI这种可视化显示？
这个能修改单个原子的颜色吗？

influenza

请问能打开高斯运行任务的输出文件吗？ xxx.log 我这里打开就软件卡住只能关掉。

coolrainbow

迎迎 发表于 2025-9-24 21:37
今天才下载，发现下载之后第一次点开提示有更新，点了确定，然后有一个进度条，很快就更新完成，点了完成更 ...

这个是之前的一个bug，已经修复了。可以直接下载最新版安装，或者之前的重启一次就可以了

迎迎

今天才下载，发现下载之后第一次点开提示有更新，点了确定，然后有一个进度条，很快就更新完成，点了完成更新。但没有出操作界面，而是继续弹窗更新提示。反复五六次之后我把更新提示右上角叉掉，才出现弹窗。想问问这个是我的操作问题还是软件本身的bug呀

greatzdk

greatzdk 发表于 2025-9-24 12:55
我试了试 别的画法 好像问题不大。但是 又发现了新的问题，我觉得总归是哪里不太对 你看看

这个 1的图是第一步 2的图是第二步

coolrainbow

mcard 发表于 2025-9-23 20:39
之前研究过mol*，虽然他是模块化的，但感觉文档不是很全，改起来少不了源码来回翻。我记得他源码里面实现了 ...

现在可以直接从state tree下右键修改representation，在选择里面用vmd等修改

greatzdk

coolrainbow 发表于 2025-9-19 14:21
你再实验一下？我这里没有发现问题

我试了试 别的画法 好像问题不大。但是 又发现了新的问题，我觉得总归是哪里不太对 你看看