实验室用多人跑分子对接、GROMACS和组学分析Python、R工作配置求指点

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-26 17:21:47

各位老师好，本人所在实验室为合成生物学实验室，最近导师想要组一台工作站用于酶和底物分子动力学模拟以及组学分析，命令本小白给出一套配置，但本小白实在是黔驴技穷，多亏站内各位老师的配置参考，勉强选出一套配置，如下图
这个配置单目前只是初步查了一下京东的价格（截至20250926），麻烦各位老师多多指点，谢谢！

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-11-6 09:04:57

xsc6 发表于 2025-11-6 01:32
不是主要用gromacs做MD吗，为啥一定要用多核服务器cpu呢，9950这种高主频的不好么

可能组学需要多核cpu吧。生信有些软件不能充分利用gpu

xsc6 · 发表于 Post on 2025-11-6 01:32:34

不是主要用gromacs做MD吗，为啥一定要用多核服务器cpu呢，9950这种高主频的不好么

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-9-29 08:36:46

M_DRP 发表于 2025-9-28 21:06
谢谢老师，之前那个配置给老师看，老师基本已经同意了，同时我们走的是采购，含税可能比正常个人搜到的价 ...

这样就差不多了

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 21:09:15

tonganlhy 发表于 2025-9-28 15:55
显卡如果要买5090D建议从jd买，可以买影驰或者耕升，jd买的扯皮的情况要少一点。
主板还是用超微的h13ss ...

不好意思，9654的QS少打了

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 21:06:32

tonganlhy 发表于 2025-9-28 15:55
显卡如果要买5090D建议从jd买，可以买影驰或者耕升，jd买的扯皮的情况要少一点。
主板还是用超微的h13ss ...

谢谢老师，之前那个配置给老师看，老师基本已经同意了，同时我们走的是采购，含税可能比正常个人搜到的价格高，所以老师定的预算为6万，根据您的建议，我又修改了一下，再次非常感谢您
名称规格型号数量
CPU AMD EPYC 9654 1
主板超微H13SSL-NT 1
散热器 COOLSERVER金钱豹SP5 M99 CPU散热器压450W功耗6热管 1
机械硬盘希捷银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B) 1
固态硬盘三星 PM9A1 Pcle 4.0 NVMe M.2 2T固态硬盘 1
显卡影驰GeForce RTXTM 5090D 大将 32G GDDR7 1
运行内存三星 DDR5 RECC 4800MHz 16G 12
电源长城Fire白金全模组电源F16白金全模ATX3.1（额定1600W） 1
机箱追风者614PC+3个普通14 cm机箱风扇 1

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-9-28 15:55:18

本帖最后由 tonganlhy 于 2025-9-28 15:58 编辑

M_DRP 发表于 2025-9-28 15:17

显卡如果要买5090D建议从jd买，可以买影驰或者耕升，jd买的扯皮的情况要少一点。
主板还是用超微的h13ssl N，技嘉这个设计有问题，大显卡不好装

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 15:17:27

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 15:16:10

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 15:15:42

tonganlhy 发表于 2025-9-28 11:25
这个配置也不能很好发挥显卡性能。但可能比7532好一点。
我的建议是如果可以配两台机子，建议配两台。
...

非常感谢老师，已经按您的建议改完了，准备把配置单给导师看看了，非常感谢您这两天的鼎力相助！

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-9-28 11:25:26

M_DRP 发表于 2025-9-28 11:08

这个配置也不能很好发挥显卡性能。但可能比7532好一点。
我的建议是如果可以配两台机子，建议配两台。
如果不能，那么这台也凑合。cpu如果有靠谱渠道，可以考虑9654qs或者9b14，价钱上差不了多少。
内存最好换成16g*12，内存带宽才最理想。电源也不太够，建议1200以上，1600最好。
如果不需要同时开展2个分子动力学，那么5090D v2是更好的选择。如果实在要上两个5080，丐版的就可以，应该8000多就有了。

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 11:08:44

本帖最后由 M_DRP 于 2025-9-28 11:10 编辑

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 11:08:22

tonganlhy 发表于 2025-9-28 10:10
4到8张 4070主要是主板要支持，而用了这样的主板再用4070就吕布骑狗。你们的组学分析建议调研一下，如果通 ...

老师您好，刚刚调研了一下，我们这台工作站应该主做分子动力学模拟，我把CPU换成9V74，主板换成技嘉MZ33-AR0，显卡换成2张5080，内存也调整为DDR5，不知是否可行，谢谢！

M_DRP · 发表于 Post on 2025-9-28 10:14:05

tonganlhy 发表于 2025-9-28 10:10
4到8张 4070主要是主板要支持，而用了这样的主板再用4070就吕布骑狗。你们的组学分析建议调研一下，如果通 ...

好的，谢谢老师，我再去调研调研

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-9-28 10:10:49

4到8张 4070主要是主板要支持，而用了这样的主板再用4070就吕布骑狗。你们的组学分析建议调研一下，如果通量不大单台9950应该可以应付。实在不行你这个钱都可以配2台9950，一台带显卡专做动力学模拟，另一台纯cpu专做组学分析。

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