粗粒化模拟十二烷密度偏大的问题

zhangfaxue

用十二烷模拟油相，盒子尺寸80埃*80埃*80埃，放了1363个十二烷分子（根据密度0.753g/cm3计算），十二烷粗粒化模型是根据全原子模型映射为三个珠子。采用的力场参数，mdp，top文件等如下，但是最终得到的密度大约是1g/cm3，请问是力场参数的问题吗？还是我计算分子数目有误，或者是其他什么可能的原因？
力场文件：

mdp文件：


密度：

sobereva

zhangfaxue 发表于 2025-12-25 14:57
老师，请问编辑AT_assign.dat把粗粒化原子类型的判据加进去这个应该如何操作，有相关教程或者参考的方法 ...

看http://sobereva.com/soft/Sobtop里改这个文件的例子以及这个文件里自带的注释举一反三

zhangfaxue

sobereva 发表于 2025-12-10 05:16
sobtop没有这个限制
如果你编辑AT_assign.dat，把粗粒化原子类型的判据加进去，照样可以用sobtop产生粗 ...

老师，请问编辑AT_assign.dat把粗粒化原子类型的判据加进去这个应该如何操作，有相关教程或者参考的方法吗？

sobereva

zhangfaxue 发表于 2025-12-9 15:03
sobtop生成的应该是做全原子的是吧？我想做粗粒化模拟。

sobtop没有这个限制
如果你编辑AT_assign.dat，把粗粒化原子类型的判据加进去，照样可以用sobtop产生粗粒化模型的拓扑文件

student0618

zhangfaxue 发表于 2025-12-9 15:02
感谢帮助！抱歉没能及时回复。1、我确实是按照之前全原子mdp改的，我以为粗粒化和全原子的mdp设置可以通 ...

先简化一下，试试只有油相的体系平衡。没问题再扩大盒子加水再平衡两相体系。

zhangfaxue

mizu-bai 发表于 2025-11-5 10:23
dodecane 这个体系我做过，用 Multiwfn 算的 RESP2(0.5) 电荷，sobtop 生成的拓扑文件，模拟下来 293 K 密 ...

sobtop生成的应该是做全原子的是吧？我想做粗粒化模拟。

zhangfaxue

student0618 发表于 2025-11-4 16:34
1. mdp 最好先换Martini官网建议对应力场版本的mdp (https://cgmartini.nl/docs/downlo ... /md-parameters ...

感谢帮助！抱歉没能及时回复。1、我确实是按照之前全原子mdp改的，我以为粗粒化和全原子的mdp设置可以通用；2、原体系是油水模型，为了方便描述我把它简化了；3、好的；4、油水模型，所以是两相；5、那是之前的，没有修改。

mizu-bai

dodecane 这个体系我做过，用 Multiwfn 算的 RESP2(0.5) 电荷，sobtop 生成的拓扑文件，模拟下来 293 K 密度 739.4 kg/m^3，实验值 749.5 kg/m^3。

student0618

1. mdp 最好先换Martini官网建议对应力场版本的mdp (https://cgmartini.nl/docs/downlo ... /md-parameters.html)，现在这个明显是全原子力场的。而且都粗粒化了步长不会这么短很浪费(全原子用SHAKE步长也是用2fs)，其他参数也不像Martini用的。
2. 看描述是只有油相，为什么partial density只占半个盒子？
3. 算整个盒子Density为什么不用gmx energy的，看随时间是否已稳定还是仍在relax？
4. 单相为什么用 semiisotropic?
5. 还有Minor 的，nsteps对应时间算不对。