使用VMD进行RMSD计算，得到的RMSD规律性不大，波动较大

KaZikl

体系为302个原子的熔盐体系，想要计算RMSD曲线以得到扩散系数等数据，体系中只有6个原子的Al在计算RMSD时波动范围很大，几乎没有规律可言，其他原子算出来的数据我也一并附在了文章下方，请各位老师能否帮忙看下这个数据是否是能用的，如果不能还需要进行什么修改，恳请各位老师指点！

KaZikl

sobereva 发表于 2025-11-18 02:53
第一张图很正常，第二张图跟第一张图毫无可比性，RMSD和MSD相差开根号的关系。你若要计算扩散系数，应该给 ...

谢谢卢老师，第二张图的MSD我也尝试绘制了，平方后也是没有什么规律，我尝试一下使用GROMACS绘制一下

sobereva

第一张图很正常，第二张图跟第一张图毫无可比性，RMSD和MSD相差开根号的关系。你若要计算扩散系数，应该给出MSD的图，而不是RMSD的图，即第二张图你应该先取平方后再给出
另外就是自己靠VMD获得MSD曲线没考虑时间平均来降低误差，计算出的MSD往往非常糙。借助gromacs的trjconv考虑了时间平均后质量会好得多。诸如北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里讲解CP2K模拟熔盐的例子，就转成了trr格式借助trjconv算的扩散系数

KaZikl

snljty2 发表于 2025-11-17 17:37
原子数太少，正常。第二张图看起来是VMD算的，第一张也是吗？VMD计算通过RMSD平方得到的MSD没考虑可以对取 ...

谢谢老师指点！确实是VMD画的，没有用Gromacs也是因为不太明白这个过程，老师一下就给我讲明白了两个问题，谢谢老师！

snljty2

原子数太少，正常。第二张图看起来是VMD算的，第一张也是吗？VMD计算通过RMSD平方得到的MSD没考虑可以对取不同时间段平均，建议使用Gromacs等程序或者手动写程序考虑这点计算（对于很长的轨迹有一个快速傅里叶变换的技巧可以把计算的时间复杂度从Ο(N^2)降低到Ο(NlogN)，见Computing MSD with FFT）。用Gromacs就是VMD把轨迹存成.trr和最初帧存成.gro，然后用gmx trjconv -timestep修改时间间隔，用gmx msd命令拟合，结果看msd.xvg。