有没有手搓一些比较特别的对接结构模型的软件工具推荐

tomwong4253

如题，手头有个高分子链和α螺旋多肽之间的相互作用模拟。猜测大概率是高分子链像绳子绕在棍子上一样绕在α螺旋多肽上，这种构象有没有哪个软件能手搓出来模拟一下的？求教
一般的柔性半柔性对接出的构象没有这么花哨的，模拟时容易解离。
（暂不需要考虑这种构象现实是否存在，如果建模时能简单考虑下vdW半径最好）

student0618

除了楼上的最快最简单的方法以外，讲究的话可以用增强采样。不过柔性聚合物要采样足够需要很长的时间，模拟出来已经是一篇文章了。

Daniel_Arndt

试试看HADDOCK3 https://www.bonvinlab.org/software/haddock3/ ，B站上有视频教程。

Serious

1）要搞对接麻烦。简单弄个起始构象的话，"LLM Is All You Need"。
比如，准备一个α螺旋 和 聚合物PEG。把需求扔给LLM。得到代码后，迭代测试修改。最终效果如图：

Input: a_helix_aligned_to_z.pdb (从5CWA.pdb截了一段); peg91.pdb (AMBER_tleap弄的)
Output: a_helix_aligned_to_z_FINAL.pdb; fitted_polymer_on_helix_RELAXED.pdb
Usage:

1. python 1_test.py

复制代码

tomwong4253

Peng14 发表于 2025-11-25 16:01
可以试试社长在 http://sobereva.com/594 中推荐的Avogadro，但如果分子太大还是会很卡

谢谢我试一下

Peng14

可以试试社长在 http://sobereva.com/594 中推荐的Avogadro，但如果分子太大还是会很卡