在Gaussian 16中计算氨基酸阴离子二肽的VDE时泛函与基组的选择问题

zxcvbnMia · 发表于 Post on 2025-12-15 23:48:36

本帖最后由 zxcvbnMia 于 2025-12-15 23:57 编辑

各位老师好，我的研究对象是去一个质子的半胱氨酸二肽，找能够与实验光电子能谱图对应的结构。具体方案是通过xtb结合molclus初步搜索得到一系列结构，再用Gaussian优化计算单点能。现在得到了一系列稳定的结构但是VDE值偏高（最低的高了0.3eV），在考虑是否是计算方法的问题，想问一下现有计算方案是否合理，有更加适合的搭配吗？
优化：B3LYP-(D3)BJ/6-311+g(d,p)
单点能：B3LYP-(D3)BJ/Aug-CC-pVDZ

sobereva · 发表于 Post on 2025-12-17 02:48:21

zxcvbnMia 发表于 2025-12-17 00:24
谢谢老师指点！重新去学习了基组选择。现在排除了计算方法的问题，应该还是结构不准确。但是计算时发现能 ...

大概率属于误差抵消的巧合。并且你用的“能量较低的结构”是否是真正的自由能最低的结构，没具体细节我也无从判断
此外，要想更精确结果，可以考虑(DLPNO-)CCSD(T)

zxcvbnMia · 发表于 Post on 2025-12-17 00:24:26

sobereva 发表于 2025-12-16 00:15
aug-cc-pVDZ给DFT用是糟糕的选择，单点的基组甚至还不如优化用的，要有基本基组的选择常识，认真看
谈谈量 ...

谢谢老师指点！重新去学习了基组选择。现在排除了计算方法的问题，应该还是结构不准确。但是计算时发现能量较低的结构VDE值与实验差距更大（偏高），想问一下这种情况是合理的吗？如果希望获得较低的VDE值有什么建议吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-12-16 00:15:27

aug-cc-pVDZ给DFT用是糟糕的选择，单点的基组甚至还不如优化用的，要有基本基组的选择常识，认真看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
B3LYP算VDE也是很糟糕的选择

正确做法：
opt freq：B3LYP-D3(BJ)或wB97XD/def-TZVP
算VDE涉及的单点计算：wB97XD/ma-def2-TZVP

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[新手求助] 在Gaussian 16中计算氨基酸阴离子二肽的VDE时泛函与基组的选择问题

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