寻找席夫碱的一个过渡态结构，用qst2方法得到的Ts不对

z1065480896 · 发表于 Post on 2025-12-18 17:14:07

通过Qst2方法进行过渡态搜索，虽然正常结束。不过震动方向不是目标的方向。期间也尝试过用柔性扫描寻找得到的结果均不对，麻烦大家看看自己哪里出错了呢？

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z1065480896 · 发表于 Post on 2025-12-19 08:23:42

LPOwenChan 发表于 2025-12-18 19:35
1. QST2未必是寻找过渡态最好的方法；
2. 这个体系使用M06-2X/6-311++G*来优化过渡态和算频率未免有些过于 ...

收到，感谢。

LPOwenChan · 发表于 Post on 2025-12-18 19:35:17

1. QST2未必是寻找过渡态最好的方法；
2. 这个体系使用M06-2X/6-311++G*来优化过渡态和算频率未免有些过于奢侈了，6-311++G*的高弥散完全没有任何意义，个人感觉该体系用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*即可；
3. 请再次确认一下隐式溶剂的选取，凭借我自身的实验经验，亚胺(希夫碱)完全不可能在水中稳定存在；
4. 目前的QST2中的产物构型是不合理的，胺进攻丙酮醛之后会生成半缩醛胺，醛羰基会变成醇羟基；
5. 胺基对羰基碳的亲核加成过渡态很可能是一个扭曲的四元环状过渡态，我使用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*在气相中跑了TS和IRC，可供你参考。

schiff_base.zip (775.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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