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[CP2K] 求助:CP2K计算NEB过渡态的一些疑问

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本帖最后由 xmuqyj 于 2025-12-25 10:30 编辑


我使用初态文件放入Multiwfn进行生成的NEB过渡态输出文件如上,我想要插点4个,即 6 个镜像(初态 + 4 插点 + 末态),生成了6个xyz文件后,输入文件插点数必须要写6,不然就报错,我不理解,vasp的过渡态计算中并不会对初末态进行计算,cp2k的意思是初末态也算插点数,对其也进行计算,这不是降低计算效率吗?
第二个问题是,既然我的6个镜像文件已经放在同文件夹,输入文件.inp最上面有一列结构文件,这貌似没有用,可以删掉吗?
第三个问题是,如果我想要续算,输出文件会生成很多-1_0123.restart文件,我只需要把输入文件的文件名由.xyz改成这个吗?但是我看每一个-1_.restart文件里有很多结构,我不理解是什么意思
第四个问题,结构文件必须要xyz格式吗,一直转换文件格式好麻烦,以后cp2k能不能直接兼容VASP的输出文件CONTCAR呀?此外,neb任务的输出文件有的是从0开始编号,0123,有的又是从1开始编号,1234,实在太乱了,我不理解。。。

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发表于 Post on 2025-12-26 04:09:37 | 只看该作者 Only view this author
“cp2k能不能直接兼容VASP的输出文件CONTCAR呀” 毫无意义,毫无必要,凭什么要兼容,这又不是什么流行、普适、众所周知的主流格式,昂贵的VA$P更不是什么必用的程序
“一直转换文件格式好麻烦” 有什么麻烦的?诸如常见的cif文件转成xyz,用Multiwfn载入cif后输入xyz再输入要产生的xyz文件路径,立马就得到了,有什么麻烦的。restart文件(如几何优化任务得到、并作为NEB始末点的结构)也是可以直接这么靠Multiwfn瞬间转成xyz文件。北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)里极度全面系统讲CP2K做NEB的各种例子里都充分体现了。非要莫名其妙多一步鼓捣VASP的文件绕弯路才是真正的自找麻烦。
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-12-25 15:41:16 | 只看该作者 Only view this author
1. 这里的设置的插点数目就包含始末结构,没啥不好理解的。你提供的结构数目少于插点数目时程序会自动帮你插值。OPTIMIZE_END_POINTS 已经设置为了F,就代表对始末结构不做优化。如果你的始末态是没有经过优化的,把这个选项设置为T就能在算NEB的过程中同时优化始末结构。
2. 结构文件指哪个?restart文件还是xyz,没必要删除,文件体积又不大,占不了多少存储空间。
3. 续算直接提交CONTCAR-1.restart计算就行,后续产生的文件命名会改为-1_1-n.XXX,不存在文件覆盖问题。每一个CONTCAR-1_n.restart代表每进行一次NEB计算后产生的续算文件,其中的最新一步restart的文件内容和CONTCAR-1.restart是一样的。
4. 为什么需要转化为CONTCAR呢,有啥使用的必要么
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