orca计算1VII蛋白scf难收敛

双鱼许小羊 · 发表于 Post on 2025-12-25 19:08:04

在orca中计算1VII这个蛋白，原子数量有596个，使用PBE0/def2-TZVP，M062X/6-31G*，以及B3LYP/def2-SVP在SCF迭代中都很难收敛。包括Delta-E, RMSDP, 以及MAX DP这些都在震荡，难以趋向0.想知道有什么手段可以解决。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-12-26 17:53:11

双鱼许小羊发表于 2025-12-26 17:13
用amber检查过体系的净电荷和自旋多重度，输入没有问题的。
我需要的是真空环境下的各种性质计算结果， ...

真空里羧酸根负离子的还原性比水溶液里强得多，很容易转移电子到其他基团上，导致电子跑来跑去，不好收敛；即使收敛了，也往往得到羧酸根部分失去电子、带有羧酸自由基性质的波函数。
如果真的需要真空里的数据（比如你要模拟质谱实验的条件），那只能强行加SCF收敛相关的关键词来加速收敛了。但在真空里用其他更好收敛的方法预优化一下（乃至跑个MD退火）也有帮助，真空里最优构象可能和溶液里很不一样

双鱼许小羊 · 发表于 Post on 2025-12-26 17:13:39

wzkchem5 发表于 2025-12-26 10:57
检查是不是没加溶剂模型，电荷数是否正确，如果有过渡金属的话自旋多重度是否正确（必须用配体场理论判断金 ...

用amber检查过体系的净电荷和自旋多重度，输入没有问题的。
我需要的是真空环境下的各种性质计算结果，不太好加溶剂
尝试在CPCM（Water）下是可以收敛的。

双鱼许小羊 · 发表于 Post on 2025-12-26 17:10:54

我进行的是单点能的计算

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2025-12-26 15:11:44

这么多原子的话，你应该考虑先用GFN-xTB2进行几何优化，然后再用ORCA进行几何优化。在ORCA中可以考虑使用SlowConv、VerySlowConv关键词。如果用了VerySlowConv关键词后还是不收敛的话，我就会提交三个计算任务，仍然用VerySlowConv关键词，把initial guess从默认的PModel分别改为HCore、Hueckel、PAtom。如果还不收敛的话，就要考虑level shifting等技巧了，参考 https://www.faccts.de/docs/orca/ ... ng-scf-calculations 或 https://orca-manual.mpi-muelheim ... ng-scf-calculations 。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-12-26 10:57:35

检查是不是没加溶剂模型，电荷数是否正确，如果有过渡金属的话自旋多重度是否正确（必须用配体场理论判断金属是高自旋还是低自旋才能开始算）

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2025-12-25 22:59:24

不知道你这个是不是有很多柔性部分。通常原子比较多的话，可以考虑先拿xtb或者gaussian的PM6D3预优化一下，然后拿ORCA优化，这样省时间。
如果这个不涉及发文章保密内容，可以发出来结构和输出文件，看看问题在哪

sobereva · 发表于 Post on 2025-12-25 19:13:14

基本解决思想和下文一致，先认真看了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

只不过具体关键词不同，并且还有其它做法可以用，如slowconv、KDIIS等。PS：北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）全面系统讲ORCA的部分专门有9页幻灯片全面介绍了所有ORCA框架下解决SCF不收敛的做法

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[新手求助] orca计算1VII蛋白scf难收敛

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