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[新手求助] 发现跑出来的IRC呈现这种形式,是不是过渡态有问题?

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寻找过渡态,发现跑出来的IRC呈现这种形式,是不是过渡态有问题?

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发表于 Post on 2025-12-30 14:56:18 | 只看该作者 Only view this author
超限制抱怨 发表于 2025-12-29 05:05
sob老师,我也遇到了这类问题。对于能垒极低过渡态的能垒比较,该如何比较能让审稿人信服。在wb97xd/def2 ...

没有叫def2tzvvp的东西
不说具体体系、是什么反应,讨论这个没意义。本来不同理论方法就有不同的适用范畴
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-12-30 14:55:06 | 只看该作者 Only view this author
chansens 发表于 2025-12-29 08:48
进一步计算出的自由能垒

确保单点计算得到的波函数稳定,可以做波函数稳定性测试
并且弄清楚改成大基组后电子能垒是多少,分开来搞清楚情况。电子能垒倘若都不靠谱,说自由能垒没意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-29 08:48:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-27 02:25
“用shermo计算的吉布斯自由能甚至出现了-100kcal/mol的情况” 完全语义不明,是自由能垒还是什么玩意

进一步计算出的自由能垒

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发表于 Post on 2025-12-29 05:05:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 超限制抱怨 于 2025-12-29 05:09 编辑
sobereva 发表于 2025-12-26 11:33
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

sob老师,我也遇到了这类问题。对于能垒极低过渡态的能垒比较,该如何比较能让审稿人信服。在wb97xd/def2tzvvp级别下的势垒与dlpno-ccsd(t)/cc-pvtz下的势垒比较得到完全相反的结果。
另外,在wb97xd/def2tzvvp下为无能垒过程,但在dlpno-ccsd(t)/cc-pvtz级别下为有能垒过程。但其电子能趋势是一致的,考虑吉布斯矫正则出现前述的结果。

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发表于 Post on 2025-12-27 02:25:50 | 只看该作者 Only view this author
chansens 发表于 2025-12-26 14:49
好的老师,下次一定注意提问的准确性

我的体系是催化反应,且属于柔性体系。我是用M062X/def2svp做的 ...

“用shermo计算的吉布斯自由能甚至出现了-100kcal/mol的情况” 完全语义不明,是自由能垒还是什么玩意
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-26 14:49:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-26 11:33
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师,下次一定注意提问的准确性

我的体系是催化反应,且属于柔性体系。我是用M062X/def2svp做的几何优化和频率计算,M062X/def2TZVP做的能量计算,后续作能垒图发现,用shermo计算的吉布斯自由能甚至出现了-100kcal/mol的情况,请问sob老师,是哪里出现问题了吗

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发表于 Post on 2025-12-26 11:33:22 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “过渡态计算” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。

只要整体是单调上升-下降的趋势、曲线平滑,并且IRC能跑到期望的结构就完了,当前毫无必然异常,起码是没给出更多信息的情况下没法说异常。
另外,当前势垒极低,有没有势垒受计算级别影响很大。
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发表于 Post on 2025-12-26 10:31:29 | 只看该作者 Only view this author
看上去只是过渡态和左端的能量差很低而已,无伤大雅。帖子名字建议改具体点。
四非院校大菜鸟

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