用于gromcs的COF模型如何使cp2k优化，单层还是多层周期性如何设置，如何获得电荷

xcgotk · 发表于 Post on 2026-1-4 18:40:59

各位老师好，我的研究需要一个COF的正交化的超胞以确定结构中至少有一个完整的孔道，且需要至少6层COF结构，想向大家请教这个结构应该如何使用cp2k优化，以下提出我自己的想法与困惑以便于更好的描述我的问题
1、使用最小晶胞优化，为了避免影响在上下添加真空层，周期性设置为XY，如此优化之后如何将其变成多层结构，因为我的优化没有优化z方向的晶胞厚度
2、将六层结构直接优化，上下添加真空层，周期性设置xy，但是这样有将近2000原子，过大了
3、如果不是以上两种思路那么应该如何完成这一步

关于电荷（对应上述顺序）
1、使用cp2k获得单胞电荷，周期性设置xyz还是不设置，按顺序复制进gro多次
2、使用cp2k获得单胞电荷，周期性设置xyz还是不设置，复制进gro
3、如果不是以上两种思路那么应该如何完成这一步

yuzc · 发表于 Post on 2026-1-8 20:36:47

COF建模直接用autoFF就得了，力场精细点就OPLS-AA，粗糙点就DREIDING。电荷直接用机器学习的DDEC6电荷或者REPEAT电荷。

xcgotk · 发表于 Post on 2026-1-5 09:32:00

sobereva 发表于 2026-1-4 23:30
你应该先说明你的结构是哪来的。如果是靠谱的晶体结构，根本不需要CP2K做结构优化，直接扩胞后用sobtop产生 ...

感谢老师回复，我的结构是建模之后使用forcite优化过的，
感谢老师帮助解决问题

xcgotk · 发表于 Post on 2026-1-5 09:30:37

pal 发表于 2026-1-4 19:40
如果不是专门想做COF力场的话，找文献里面的参数用

感谢您的回复

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-4 23:30:45

你应该先说明你的结构是哪来的。如果是靠谱的晶体结构，根本不需要CP2K做结构优化，直接扩胞后用sobtop产生COF的拓扑文件然后做动力学就完了。

对于原子电荷，如果扩胞后你用CP2K算得动单点并得到REPEAT电荷（较好服务器上纯泛函算几千原子没问题），直接用这样的原子电荷。如果算不动，建议你优先考虑《sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PACMAN》（http://bbs.keinsci.com/thread-46231-1-1.html）的方法

pal · 发表于 Post on 2026-1-4 19:40:11

如果不是专门想做COF力场的话，找文献里面的参数用

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