Q-CHEM并行求助

lp2014

新手想请教个问题，在运行qchem时，我想在one node上运行一个8或12核的任务，提交任务时，用qchem -nt 8 1.inp 1.out，但是每次提交之后都显示只在1个核上计算（之后查说明书，
-np可设置核数，所以用qchem -np 8 -nt 8 1.inp 1.out提交，仍是一个核计算），是什么原因呢？该如何设置呢？谢谢

thinking

qchem -np 8 -nt 8 1.inp 1.out

http://www.q-chem.com/qchem-webs ... l/sec-parallel.html
没理解错的话，是指定8个节点，每个节点用8个线程（既8个CPU），节点之间用MPI并行，节点内用OpenMP并行。

最近两天在研究Q-Chem的并行，发现对MPI并行的解释和说明在不同的来源会看到不同的答案（而且都是Q-Chem自己的网站或者官方论坛）。

这个网页的介绍有参考价值
http://www.q-chem.com/qchem-webs ... qchem-install.shtml
而这个网页给的用脚本并行的方案(mpirun)实现不了
http://www.q-chem.com/qchem-website/doc_for_web/readme_par.shtml

虽然技术支持强烈建议我不要用MPI，而是用OpenMP，因为后者更可靠，而且能满足大部分的并行计算的要求。
“ The Q-Chem installer provides options for selecting the parallel version and OpenMP only is default. I will advise that the OpenMP code is significantly more efficient and better tested than the MPI parallel code, as well as sufficient for the majority of Q-Chem jobs. We recommend using OpenMP parallelism unless the problem absolutely requires multiple nodes.”

折腾了一天之后，发现 https://hpc.nih.gov/apps/qchem.html 在这个网页给的脚本基础上（对某些系统，QCMACHINEFILE不能少），加上要指定Intel的编译库路径，才能正常运行MPI版的qchem。

我自己也做了测试，发现单节点和跨界点MPI算freq都会出错，hybrid MPI + OpenMP也出错。而且出错信息不一样。

所以，亲自感受到了MPI版并行的难用和问题之后，决定采纳技术支持的建议，用OpenMP做Q-Chem并行计算。

qianbao

sobereva 发表于 2017-12-5 17:14
手册官网上直接下
不存在中文版

哦哦哦 好的 谢谢老师。

sobereva

qianbao 发表于 2017-12-4 18:44
请问楼主有应用手册吗？最好能是中文版的，谢谢啦！

手册官网上直接下
不存在中文版

alonewolfyang

C:\Users\ShelbyYang\Desktop\122.jpg

qianbao

请问楼主有应用手册吗？最好能是中文版的，谢谢啦！

bluewhale

不知你的并行环境，如果是Torque+maui, 加选项 -pbs 试一试。
或者将你完整提交脚本放出来。

itpfeng

-nt 是用的openmp并行，用top显示就是一个任务，但是是并行了的，cpu用量是 ncore*100%，另外你可以比较一下 -nt 8 和 -nt 1 的速度.

stecue

qchem的并行是基于MPI的，不知道是不是没有安装或者设置mpi库？