由于周期性镜像，结构优化后的模型显示不完整的问题，并导致后续的界面建模不正常

hotdog

问题1：体相优化后的在TICN模型由于周期性镜像缘故，在MS可视化模型里出现与优化前模型不一致？

file:///C:/Users/30725/AppData/Local/Temp/ksohtml8184/wps1.jpgfile:///C:/Users/30725/AppData/Local/Temp/ksohtml8184/wps2.jpg

优化前TICN体相模型2*2*2的64模型            优化后体相模型2*2*2的64模型

是由于体相模型中位于边框处或表面处的原子是与另一体相共同占据，所以在这里未呈现，被分配到了另一个体相中吗？那这里优化后呈现的原子都是完整占据的原子罗，64个完整占据的原子，那这样会有影响吗，需要调整吗？优化前体相中那么多原子是因为部分原子并不是完整属于这个体相，只是其中一部分

问题2：如果前面优化的体相正确，以此切出来的表面呈现这个形式，与文献或者想像中不一致，原子排布很乱？而且这里我切割的是和体相模型一样厚，那切出来的表面模型应该和体相模型一致吧，但对不上，而且上下表面也不相同，还有偶极修正？

似乎切割后上下表面并不相同，即还要偶极修正？但

file:///C:/Users/30725/AppData/Local/Temp/ksohtml8184/wps3.jpg

切除完整的体相来建立表面模型

file:///C:/Users/30725/AppData/Local/Temp/ksohtml8184/wps4.jpg

想像中的应该是这样：

file:///C:/Users/30725/AppData/Local/Temp/ksohtml8184/wps5.jpg

UW_0728.

完全没有影响，只是之前原子位置处于原点导致八个顶点上都默认显示出来了，而优化后原子位置相对原点多少有点偏差而已（棱上、面上同理）

BinWang

hotdog 发表于 2026-1-12 15:45
谢谢你的回答，我之前调节过，确实可以增大显示范围后完整显示，但是这个晶格内原子确实不完整了，有部分 ...

优化的时候需要设置晶胞一块优化，优化完了切一个表面看看，与优化之前差距多大，你看着晶胞少原子了，切出来后可能没差别，究竟有没有少原子，以程序读出来的原子数为准，而不是目测。你为了美观的话，可以用vesta调一下

hotdog

BinWang 发表于 2026-1-12 11:01
vesta里面可以调节，你可以研究一下。也可以考虑晶格重新标准化一下，这个就是纯粹显示的问题，在vesta的ob ...

谢谢你的回答，我之前调节过，确实可以增大显示范围后完整显示，但是这个晶格内原子确实不完整了，有部分原子好像是超出这个晶格范围内，那这样结构优化好像会出现问题？因为后续我切除的表面模型结构优化时出现问题，上表面几乎只有C\N原子，下表面几乎只有TI原子，我发现体相的时候就是这样，最上面只有CN原子，下表面只有TI原子，导致优化时表面只有C\N原子的相互作用

BinWang

vesta里面可以调节，你可以研究一下。也可以考虑晶格重新标准化一下，这个就是纯粹显示的问题，在vesta的objects的boundary里面设置一下。MS该如何操作我不知道