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[其它量化程序] 审稿求助:Dmol3程序能否实现基于M06-2X泛函的计算?算出的热力学数据可靠吗?

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本帖最后由 JosephZhang 于 2026-1-12 17:32 编辑

各位老师好!我最近审到了一篇一区top期刊的稿子,是用计算结果结合实验来说明某有机含溴产物(孤立体系,大约有30-40个原子)的分解路径,其中DFT计算采用M06-2X泛函,在Dmol3程序中计算,我个人过往进行的量子化学研究中从未使用过该程序,对其缺乏深入了解,但看到卢老师的相关帖子:为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序中提到该程序在杂化泛函中仅支持B3LYP,产生了一定困惑,想请教以下几个问题:
1.卢老师这篇帖子最后更新时间是23年,Dmol3近年来是否像ORCA、CP2K等程序有过重要更新,更新后支持M06-2X泛函开展计算呢?
2.作者还在本文中提到,结合DNP系列基组(我认为应该是一个2-zeta档次的基组?)对反应中间体及过渡态计算了高温下吉布斯自由能的相关数据,相比于使用Gaussian+Shermo计算的方法,在Dmol3中计算出的相关热力学数据可靠性如何,作差得到反应能垒后是否可能出现定性错误等问题呢?
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发表于 Post on 2026-1-13 18:52:34 | 只看该作者 Only view this author
如果是理论佐证实验,趋势对了,能放一马就放一马吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-13 18:30:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-1-13 00:11
最新版本有M06-2X,但速度远远慢于Gaussian,作者像是在苦海中。

DNP(2-zeta带极化函数)这种档次opt f ...

明白了,感谢卢老师的详细解答!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-13 18:28:47 | 只看该作者 Only view this author
aaq2800 发表于 2026-1-13 08:35
较新版本的Dmol3有M06-2X

好的 谢谢
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发表于 Post on 2026-1-13 08:35:49 | 只看该作者 Only view this author
较新版本的Dmol3有M06-2X

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发表于 Post on 2026-1-13 00:11:19 | 只看该作者 Only view this author
最新版本有M06-2X,但速度远远慢于Gaussian,作者像是在苦海中。

DNP(2-zeta带极化函数)这种档次opt freq还行,拿来算热力学量的电子能量部分的话不太像话。如果是基组误差不至于导致定性错误、结论有问题的情况,比如一个反应过程放热很显著,差个5-10 kcal/mol都完全无所谓,并且文章不是以计算为重点的话,放他一马也凑合;但如果本来反应能的大小就不大,误差都可能影响结论、结果的符号,或者要根据势垒算反应速率常数、根据不同结构的相对自由能算Boltzmann分布这种事,以及算弱相互作用能,都对能量误差很敏感,DNP的基组不完备性误差就不可接受了,非要用Dmol3的话怎么也应该用TNP(三分裂价并带有较多极化函数)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-12 21:18:35 | 只看该作者 Only view this author
感谢楼上两位老师的回复,关于能量计算准确性的问题我再结合其他资料调研一下。我个人也认同两位老师和卢老师的评价,在DFT计算中不会考虑使用该程序。
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发表于 Post on 2026-1-12 20:07:46 | 只看该作者 Only view this author
根据这篇文章【https://www.3ds.com/fileadmin/PR ... als-studio-2020.pdf】所述:



可以回答第一个问题,也就是支持。
但我没用过也不屑于用,所以不对其可用性、准确性等做出评价。
四非院校大菜鸟

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发表于 Post on 2026-1-12 18:26:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 UW_0728. 于 2026-1-12 18:27 编辑

Dmol3没啥长进,还是比较烂,甭用;文章作者大概率也算得不咋明白

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