双卡4090D，GPU0正常速度，GPU1速度只有前面的三分之二左右

zep

请教各位老师，双卡4090D跑模拟，GPU0正常速度，GPU1速度只有前面的三分之二左右，具体配置见下图，
计算指令，没有绑定CPU核心：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 8 -gpu_id 0
gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 8 -gpu_id 0,
后续绑定CPU核心：gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 8 -gpu_id 0 -pin on -pinoffset 0 ,效果还是不行
单独跑GPU1也是此情况，功率偏低，速度慢。


补充：我是打算同时跑两个任务，一个GPU一个，其中一个比较慢，怀疑是CPU核心绑定问题，然后后面发现单独只用GPU1显卡跑一个任务，另一个显卡0不使用，速度还是慢，同样单独使用GPU0，不使用GPU1，跑相同任务速度正常，也就是说相同的指令以及任务，分别测试GPU1以及0，却发现1的速度只有0的三分之二左右

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r1ck 发表于 2026-1-13 11:58
可能是两个PCIE插槽速率不同。
这个主板规格：扩展插槽        1 * PCI-E® 4.0 x16 / 1 * PCI-E® 4.0 x ...

感谢回答，感觉你这个是正解，另一台主机双卡，另一个服务器主板无这种情况，而且CPU绑定问题不会影响如此严重，感谢，下次配机需要自己注意一些了

r1ck

可能是两个PCIE插槽速率不同。
这个主板规格：扩展插槽        1 * PCI-E® 4.0 x16 / 1 * PCI-E® 4.0 x4 / 1 * PCI-E® 3.0 x2
第一个插槽PCI-E® 4.0 x16 走的CPU，下面两个走的主板的FCH

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JinxrDK 发表于 2026-1-12 21:33
没看懂你是不是要同时跑两个任务，要是同时跑的话我建议用taskset -c 0,2,4,6,8,10 gmx ... -gpu_id 0和 ta ...

感谢回答，我是打算同时跑两个任务，其中一个比较慢，后面发现单独用GPU1显卡速度还是慢，同样单独使用GPU0无异常，相同的指令任务，GPU设备不同

JinxrDK

没看懂你是不是要同时跑两个任务，要是同时跑的话我建议用taskset -c 0,2,4,6,8,10 gmx ... -gpu_id 0和 taskset -c 1,3,5,7,9,11 gmx ... -gpu_id 1指定使用的核心