请教蛋白质和金属正离子的结合自由能是否有意义？

YuniJ · 发表于 Post on 3 day ago

如题所示，使用gmx mmpbsa计算了蛋白质和镧系三价离子的结合自由能，从配位角度该离子和蛋白质之间存在4个配位（未考虑水），但是算结合自由能最后的ΔΔG是50.28，想请教一下各位老师对于金属和蛋白来说，是否存在真实的物理意义？此外，我如果想在蛋白质和每个镧系离子之间比较结合自由能，有意义吗？或者从什么视角去比较呢？

student0618 · 发表于 Post on 前天 12:13

PB/GB 方法对二价/三价离子及highly charged systems的误差可能较大，搜Amber的Mailing可以找到不少开发者的相关讨论。

KazusaT · 发表于 Post on 前天 03:55

我认为不合适，因为此时用非共价作用不能描述配位，形成配位键是共价作用

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[GROMACS] 请教蛋白质和金属正离子的结合自由能是否有意义？

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