如何利用CP2K-AIMD输出的xyz轨迹文件统计多帧下水分子体系的密度图、偶极矩分布？

EnyuShi · 发表于 Post on 4 day ago

请问各位老师，在研究纳米结构限域水体系时，我想对CP2K-AIMD输出的xyz轨迹文件统计多个帧下，体系中平均的水分子密度分布图、水分子偶极矩分布图、以及O-H键键角分布图。请问哪些软件有这些功能？是否能够实现xyz轨迹文件下多个帧信息的平均处理？

EnyuShi · 发表于 Post on 3 day ago

好的谢谢两位老师，我都尝试一下

丁越 · 发表于 Post on 3 day ago

Travis（https://www.travis-analyzer.de/）就直接支持读取xyz格式。如果嫌gmx处理麻烦的话可以考虑travis，这个是交互式操作界面，比较傻瓜化。

sobereva · 发表于 Post on 4 day ago

水分子密度分布图、O-H键键角分布图分别借助GROMACS自带的gmx density/densmap/spatial以及gmx h2order（假设你是指相对于某个笛卡尔轴的夹角）就可以统计，用VMD把CP2K的轨迹转成trr格式、结构文件转成gro格式就可以借用。或者自己写VMD tcl脚本统计。PS：GROMACS自带分析工具的使用和tcl轨迹分析脚本编写的知识在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里都有极为全面的讲解。

至于水分子偶极矩分布图，没有唯一获得方法，不知道你想要什么形式的分布图。而且关于凝聚相中水分子的偶极矩的计算本身就没有唯一办法。最简单的做法就是基于原子电荷计算偶极矩（不同原子电荷计算方法得到的结果会有差异）

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[CP2K] 如何利用CP2K-AIMD输出的xyz轨迹文件统计多帧下水分子体系的密度图、偶极矩分布？

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