分子间结合能计算结果过大该如何优化或解决

又落枕了怎么办 · 发表于 Post on 3 hour ago

本帖最后由又落枕了怎么办于 2026-3-3 11:45 编辑

我现在进行了一个关于分子间结合能的计算，两个分子均有很多个碘原子，采用的方法是：
1.在gaussview中绘制好两个分子并调整分子间距为3.0埃左右，然后使用Multiwfn生成MOPAC的输入文件。
2.使用MOPAC 2016进行分子的预优化，关键词为PM6-D3H4X PRNT=2 precise charge=504，不添加其他赝势基组，计算完成后将其转换为inp输入文件。
3.使用ORCA 6.01 结合B97-3c 进行进一步计算，计算完毕后使用社长发布的bind energy软件计算得到结合能。

我将相关的原始文件按照上述的步骤123上传并命名了，由于步骤三的out文件过大，我只截取了最后部分

2mopac_out.out (59.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

bind energy.txt (505 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

3inp.inp (10.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2mopac.txt (10.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

3out.txt (784 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

现在遇到的问题是，这样计算得到的结合能过于大了点，是-1.53eV，这远超正常的弱相互作用的范围，求助各位大佬，我该如何进行改正呢

又落枕了怎么办 · 发表于 Post on halfhour ago

Stardust0831 发表于 2026-3-3 14:41
你的两个分子都不小，接触面积也很大，结合能会到-1.53eV并没有非常大（比如晕苯的二聚体间相互作用差不多- ...

感谢大佬，我先尝试一下使用xtb进行预优化然后结合您说的这个方法进行下一步

Stardust0831 · 发表于 Post on halfhour ago

你的两个分子都不小，接触面积也很大，结合能会到-1.53eV并没有非常大（比如晕苯的二聚体间相互作用差不多-1eV的样子，你这里还有一些静电相互作用主导的吸引）。我的直觉是你完全可以全部用orca 6.1.0算，orca已经支持了GFN2-xTB，用GFN2-xTB预优化完后用B3LYP-D4-gCP/def2-SVP优化,然后B3LYP-D4-gCP/def2-TZVP单点，会可靠许多。

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