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[GROMACS] 求助:高浓度盐溶液的力场参数选择

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各位老师好:本人最近在模拟材料在高浓溴化锂溶液中的材料溶解性研究,使用acpype把amber的力场转变为gromacs的格式跑,水模型选的是OPC,已经试过直接跑的话盐会成块。想请问各位能否可以直接用Merz参数使用charge scaling,电荷×0.75,其他参数都不改,这样会被质疑吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-25 09:23:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-25 02:34
有一定合理性
只不过影响相互吸引程度的除了静电作用外还有范德华作用,光缩放原子电荷其实在一定程度上 ...

好的谢谢sob老师,我再研究下看看

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发表于 Post on 2026-3-25 02:34:57 | 只看该作者 Only view this author
FireEternal 发表于 2026-3-24 17:38
老师,还想请教一下,因为我这个体系浓度很高(大于10mol/L),试了Madrid-2019力场,结果溴和锂的相互吸 ...

有一定合理性
只不过影响相互吸引程度的除了静电作用外还有范德华作用,光缩放原子电荷其实在一定程度上是“凑”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-24 17:38:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-21 22:07
用Madrid-2019力场,最佳选择
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)全 ...

老师,还想请教一下,因为我这个体系浓度很高(大于10mol/L),试了Madrid-2019力场,结果溴和锂的相互吸引还是太强。目前采用传统Merz参数缩放0.75(只缩放电荷,其他参数不变,水模型是SPC/E)跑出来的情况可以与文献中通过核磁试验阐述的相互作用相互印证,想问一下从理论上来说,极高浓度电解质溶液无适用力场,直接缩放电荷,这样做的话是否可行?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-21 22:48:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-21 22:07
用Madrid-2019力场,最佳选择
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)全 ...

谢谢sob老师回复 我去了解下

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发表于 Post on 2026-3-21 22:07:48 | 只看该作者 Only view this author
用Madrid-2019力场,最佳选择
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)全面讲力场部分的幻灯片
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-21 21:48:24 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-3-21 20:14
如果能用amber不是GROMACS,可以试试amber为改善opc水会令高浓度离子结块问题开发的12-6-4力场。
用GMX或 ...

感谢老师回复,我现在就只会点gromacs,spc/e和tip3p我都试过,也都不行

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发表于 Post on 2026-3-21 20:14:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2026-3-21 22:05 编辑

如果能用amber不是GROMACS,可以试试amber改善opc水会令高浓度离子结块问题的12-6-4力场。
用GMX或者试试换其他水模型,如spc/e
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-21 19:17:58 | 只看该作者 Only view this author
yxdd98 发表于 2026-3-21 17:17
在没有专门力场的情况下电荷缩放可以考虑,但建议进行验证,比如建立一个纯盐溶液的盒子,模拟结束后看看电 ...

好的了解,谢谢

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发表于 Post on 2026-3-21 17:17:04 | 只看该作者 Only view this author
在没有专门力场的情况下电荷缩放可以考虑,但建议进行验证,比如建立一个纯盐溶液的盒子,模拟结束后看看电荷缩放得到的密度、RDF、MSD等结果能不能和实验值基本吻合,如果能的话就还可以(我个人感觉最基本密度要对上,其他的可能不太好找实验值对比)

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