有什么免费好用的蛋白准备软件

chao831 · 发表于 Post on 2026-3-24 22:06:04

各位老师同学大家好，

想请问一下大家一般用什么软件来给从pdb数据库中得到的pdb进行预处理（氨基酸缺失的部分补齐，命名规范化，以及基于pKa+pH来预测氨基酸质子化情况）

以前课题组用的是薛定谔的Maestro，但是这是个收费软件，不知道有什么免费的软件可以替代来进行蛋白质准备的工作

提前感谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2026-3-26 15:08:54

CHARMM-GUI

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-24 22:32:14

简单补所有的：

pdbfixer (网页+本地)

按pH加氢及补缺失原子 (不能补缺失残基)

pdb2pqr (网页版 + 本地 cli)
H++ (网页版，主要配合Amber使用)

比较讲究地补缺失残基：

Modeller (+用 UCSF Chimera 介面的model missing loop ，二者皆学术免费)

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[蛋白质建模] 有什么免费好用的蛋白准备软件

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