求助做酮珞分（KTP）和羟丙基β环糊精（HPBCD）的分子对接遇到了假阳性的问题

lkd

大佬们好哇，现在在做酮珞分（KTP）和羟丙基β环糊精（HPBCD）的分子对接遇到了假阳性的问题，想问一下解决办法，KTP和HPBCD的结构都是Pubchem下载的，只不过为了和文献中的实验数据验证，HPBCD选用了文献中同款商品名（kleptose），因为HPBCD没有3D结构，所以用下载的2D sdf生成了一个3D的PDB，为了模拟生理pH，KTP做了去质子化的处理，对接结果虽然为负，但在pymol里面显示ktp并没有进入环糊精的空腔，之后尝试了用chem3d生成3D结构，并用MM2做了MD和能量最小化，结果和charmgui基本一样，也是对接结果为负但可视化结果不进入空腔，想问下解决办法，非常感谢！

KazusaT

如果你想要他在环糊精内的结果，就手摆一个然后用xtb简单跑个动力学看看。这个分子不进入空腔也有可能啊。

student0618

负数不算是假阳性的，要了解scoring function的定义。

可以试试盒子设小些，或者跑MD采样几个环糊精构象再docking。

或者直接用MD各种不同方法如umbrella sampling采样