对于MMPBSA结果的疑问

王肖索

各位老师好，我建了三个蛋白配体体系，我现在跑了了未激活蛋白配体，中间及激活蛋白与配体的轨迹，在进行最后100ns的MMPBSA结果中发现未激活的是-17.19 中间为-14.93 激活的是-16.88，老师说未激活蛋白配体的总能量不应该那么小，因为它是未激活态，这种结果是不正常的吗？我需要重新进行分析吗？

王肖索

student0618 发表于 2026-4-7 16:15
除楼上说以外，还有几个一楼没提但影响处理方法的问题：
用什么力场？
有没有按手册设定相应参数？

好的，感谢

王肖索

wbqdssl 发表于 2026-4-7 15:47
1）先确认模拟到底有没有平衡。没平衡的话算出来结果当然有问题。
2）如果确认模拟平衡，考虑跑平行模拟（ ...

好的，谢谢解答

student0618

除楼上说以外，还有几个一楼没提但影响处理方法的问题：
用什么力场？
有没有按手册设定相应参数？
用的是pb还是gb？
观察轨迹有没有跑开？
用的如果是gmx_MMPBSA跑之前有没有先处理好轨迹？

wbqdssl

1）先确认模拟到底有没有平衡。没平衡的话算出来结果当然有问题。
2）如果确认模拟平衡，考虑跑平行模拟（如重复跑三次），分别对每段轨迹计算自由能再取平均看结果如何
3）结合自由能反映的是结合强弱，结合强弱和配体能不能激活蛋白之间的关系你分析清楚了吗？
4）还不行，考虑更高精度的方法如ABFE