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[CP2K] CP2K给192个原子的Na2CO3超胞做振动分析崩溃退出

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楼主
求助,我用CP2K给192个原子的Na2CO3超胞做振动分析,有限差分算到第75个原子的时候崩溃退出了。我现在脚本是这样的:

#SBATCH -n 96
source /public1/soft/modules/module.sh
module load cp2k/2023
mpirun -np 96 cp2k.popt -o xxx-freq.out xxx-freq.inp

inp 里设置了 NPROC_REP 24(结构优化时用的24个核,#SBATCH -n 24 和 mpirun -np 24,能正常跑完)。输入文件见附件,理论级别 PBE-D3 / pob-DZVP-rev2。
试过将 mpirun -np 96 改为其它核数(#SBATCH -n 96 这一行的核数没有修改),72核、48核也会爆掉但爆掉之前有限差分能多算几个原子,24核能一直不报错,但会卡在第90个左右原子的有限差分,之后好几天都没有算到下一个原子,我就把任务杀了。

我也尝试了用 psmp 方法,但是进入第一轮SCF的时候就会崩溃退出。我用 psmp 方法的脚本如下:

#SBATCH -n 96
source /public1/soft/modules/module.sh
module load cp2k/2023
export OMP_NUM_THREADS=24
mpirun -np 4 cp2k.psmp -o xxx-freq.out xxx-freq.inp

应该怎么办比较好呢?

Na2CO3-222-freq.inp

14.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 15:51 | 只看该作者 Only view this author
喝酸奶的巧乐兹 发表于 2026-5-6 23:41
用psmp版本,这么写试试呢
mpirun -np 8 --cpus-per-proc 12 -x OMP_NUM_THREADS=12 cp2k.psmp -i xxx.inp ...

谢谢,我又试了一下,你那种方法不是很管用(捂脸),我是这样解决的:改为 module load cp2k/2023-openmpi,脚本如下:

#!/bin/bash
#SBATCH -p v6_384
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 96
#SBATCH -J Li2CO3-222-freq
#SBATCH -o jobid%j-%N.out
#SBATCH -e jobid%j-%N.error

source /public1/soft/modules/module.sh
module load cp2k/2023-openmpi

export OMP_NUM_THREADS=24
mpirun -np 4 cp2k.psmp -o xxx-freq.out xxx-freq.inp



现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
用psmp版本,这么写试试呢
mpirun -np 8 --cpus-per-proc 12 -x OMP_NUM_THREADS=12 cp2k.psmp -i xxx.inp -o xxxx.out

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北大-陶豫 + 5 谢谢,我试试

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