计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 344|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助:安装CP2K报错

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

50

eV
积分
57

Level 2 能力者

各位老师好,我在VMware虚拟机中的Rocky Linux10.1系统下安装CP2K-2026.1,安装过程参考sob老师的CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元,我在运行./install_cp2k_toolchain.sh --with-openmpi=system --with-plumed=install --with-tblite=install --with-dftd4=install --with-elpa=no 指令的时候报错(openmpi在系统里面已经下载了,所以用的with-openmpi=system;编译elpa库报错,就用了no命令),报错信息如下图。希望得到老师们的指导,谢谢各位老师!

202605122054472992..png (181.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202605122054472992..png

7

帖子

0

威望

50

eV
积分
57

Level 2 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-14 00:25:43 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2026-5-13 22:57
对网络没有信息的话,
先下载这些

谢谢abin老师!

7

帖子

0

威望

50

eV
积分
57

Level 2 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-14 00:22:19 | 只看该作者 Only view this author
UW_0728. 发表于 2026-5-13 20:13
很可能是内存不足或者ulimit限制过严。试试ulimit -s unlimited,且安装过程中监测内存变化,不行就降低 ...

好的好的,谢谢老师解答!

2443

帖子

1

威望

6326

eV
积分
8789

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2026-5-13 22:57:29 | 只看该作者 Only view this author
对网络没有信息的话,
先下载这些

链接: https://pan.baidu.com/s/1kJv9cV4F2wbs9UGq_L5Ssw?pwd=ewj3 提取码: ewj3

再说,官方提供的镜像又不是不能用; 不过docker pull依旧需要网络。
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

205

帖子

1

威望

744

eV
积分
969

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2026-5-13 20:13:08 | 只看该作者 Only view this author
blq777 发表于 2026-5-13 13:12
谢谢sob老师的回复!老师,我用的的openmpi版本是5.0.2,gcc是14.3.1,我在安装openBLAS的时候会出现以下 ...

很可能是内存不足或者ulimit限制过严。试试ulimit -s unlimited,且安装过程中监测内存变化,不行就降低并行核数(例如原来是-j 16,可以降到-j 12或者-j 8)
Failed to load the content due to unknown reasons.

205

帖子

1

威望

744

eV
积分
969

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2026-5-13 20:09:49 | 只看该作者 Only view this author
blq777 发表于 2026-5-13 17:10
谢谢sob老师的回复!老师,我检查了openBLAS压缩包的大小,显示是24M,应该是完整的(root@localhost:/ho ...

把build和install里面的OpenBLAS删了,然后重新运行脚本
Failed to load the content due to unknown reasons.

7

帖子

0

威望

50

eV
积分
57

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-13 17:10:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-13 16:27
先确认toolchain自动下载的openBLAS包是完整的,可以通过文件大小判断
如果是,并且你之前用了并行编译 ...

谢谢sob老师的回复!老师,我检查了openBLAS压缩包的大小,显示是24M,应该是完整的(root@localhost:/home/blq/blq/cp2k-2026.1/tools/toolchain# ls -lh build/OpenBLAS-0.3.30.tar.gz
-rw-r--r--. 1 blq blq 24M May 10 19:25 build/OpenBLAS-0.3.30.tar.gz);
老师,不并行编译的话,我需要把原先的各个文件都删除重新开始吗?还是可以在原来的基础上编译?
谢谢老师!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
127147

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2026-5-13 16:27:30 | 只看该作者 Only view this author
blq777 发表于 2026-5-13 13:12
谢谢sob老师的回复!老师,我用的的openmpi版本是5.0.2,gcc是14.3.1,我在安装openBLAS的时候会出现以下 ...

先确认toolchain自动下载的openBLAS包是完整的,可以通过文件大小判断
如果是,并且你之前用了并行编译,不并行试试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

7

帖子

0

威望

50

eV
积分
57

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-13 14:58:54 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2026-5-13 14:27
你对网络的认知有点片面呀……

要不你去GitHub ,采用cp2k官方推荐的指令,克隆源代码试试?

谢谢老师的解答,我是刚入门的计算小白我去试一下老师您说的方法,感谢老师!

2443

帖子

1

威望

6326

eV
积分
8789

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2026-5-13 14:27:49 | 只看该作者 Only view this author
blq777 发表于 2026-5-13 13:01
谢谢老师的回复!老师,我在浏览器输入您说的这个网址,发现是可以正常访问的。

你对网络的认知有点片面呀……

要不你去GitHub ,采用cp2k官方推荐的指令,克隆源代码试试?

git clone -b support/v2026.1 --recursive https://github.com/cp2k/cp2k.git cp2k
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

7

帖子

0

威望

50

eV
积分
57

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-13 13:12:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 blq777 于 2026-5-13 13:13 编辑
sobereva 发表于 2026-5-13 01:06
细节描述还不够充分。正常情况下toochain会自动下载openBLAS,不会像这样导致没BLAS库而报错的问题

谢谢sob老师的回复!老师,我用的的openmpi版本是5.0.2,gcc是14.3.1,我在安装openBLAS的时候会出现以下两点报错信息,请问是为什么呀?

希望得到老师指导,谢谢老师!

202605131312569729..png (189.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

202605131312569729..png

202605131313053270..png (217.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202605131313053270..png

7

帖子

0

威望

50

eV
积分
57

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-13 13:01:31 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2026-5-13 09:44
先保证你的设备可以稳定访问github.com等站点。

谢谢老师的回复!老师,我在浏览器输入您说的这个网址,发现是可以正常访问的。

2443

帖子

1

威望

6326

eV
积分
8789

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2026-5-13 09:44:07 | 只看该作者 Only view this author
先保证你的设备可以稳定访问github.com等站点。
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
127147

管理员

公社社长

楼主
发表于 Post on 2026-5-13 01:06:16 | 只看该作者 Only view this author
细节描述还不够充分。正常情况下toochain会自动下载openBLAS,不会像这样导致没BLAS库而报错的问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-5-30 17:45 , Processed in 0.358572 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list