mmpbsa计算结合能差值太大求助

xuxiaoxiao · 发表于 Post on 12 hour ago

体系共3w原子左右，跑了gromacs100nsmd模拟，取了最后的10n用李继存老师的脚本计算了结合能，发现这个值一会正一会负，这是怎么回事。问过ai，周期边界效应，拼接都做过了，还是这样.
小分子rmsd高的原因推测是它是环孢素，为多肽化合物，原子数近200个.

student0618 · 发表于 Post on 4 hour ago

论坛置顶说了，问过LLM这句对解答没帮助的。

遇到任何问题先看轨迹，那一帧怎么了？是否出现了某特定相互作用？

十帧太少了，MMPBSA官方有说至少要100帧的。

MMPBSA其他设定是否正确？

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[GROMACS] mmpbsa计算结合能差值太大求助