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[GROMACS] mmpbsa计算结合能差值太大求助

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发表于 Post on 5 hour ago | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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体系共3w原子左右，跑了gromacs100nsmd模拟，取了最后的10n用李继存老师的脚本计算了结合能，发现这个值一会正一会负，这是怎么回事。问过ai，周期边界效应，拼接都做过了，还是这样.
小分子rmsd高的原因推测是它是环孢素，为多肽化合物，原子数近200个.

本主题由 sobereva 于 4 hour ago 审核通过

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蛋白骨架rmsd

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小分子rmsd

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