亮氨酸胆碱离子液体和柠檬醛之间发生希夫碱反应的过渡态计算求助

xizhou · 发表于 Post on 2026-6-15 11:27:12

大佬们好！我的反应是亮氨酸胆碱离子液体和柠檬醛之间发生希夫碱反应，反应分为两步，第一步是亮氨酸与柠檬醛之间质子转移和C-N键的连接，第二步是亮氨酸-柠檬醛脱水，两步ts扫描在em=gd3bj，6-31G（d),隐式溶剂模型（溶剂为离子液体，描述了折射率和介电常数，介电常数用的SMD-GIL模型中的11.5，折射率参考的文献）下进行，扫描结束后进行IRC计算，同样计算水平对IRC两端进行结构优化，对过渡态、IRC两端优化后的结构通过em=gd3bj，6-311G（+，d，p),隐式溶剂模型进行能量计算，通过Thermal Correction to Free Energy对自由能进行校正，最后计算得到两步反应的能垒分别为34、35kcal/mol，请问这个数值是正常的吗？实验中这个反应很容易进行，我要怎么修改我的计算参数才能得到更合理的数值呢？恳请各位大佬解答

xizhou · 发表于 Post on 2026-6-15 15:36:29

好的好的，谢谢大佬们！我去研究一下

sai77 · 发表于 Post on 2026-6-15 13:44:10

就是醛跟氨缩合成亚胺，这个反应一般需要酸催化，你体系里的氨基酸既作为底物又作为催化剂。
大概画了一下，类似这样，你可以搜索一下质子梭，有很多计算可以参考

Stardust0831 · 发表于 Post on 2026-6-15 12:04:21

本帖最后由 Stardust0831 于 2026-6-15 12:32 编辑

猜你想说6-311+G(d,p)而非6-311G（+，d，p)。
质子转移的反应可能有不小的隧道效应，即使能垒较高也能有较快的反应速率，可以看看http://sobereva.com/310，尤其是里面透射系数κ的部分

应当说明你使用的是哪种泛函

J.Liu · 发表于 Post on 2026-6-15 12:02:31

默认计算的是298.15K的热数据

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