求助铜和抗生素的络合物在水盒子里跑md出现LINCS warnings报错，结构不合理如何解决

stone-a

本人在做美他环素和铜的络合物在水盒子里的分子动力学模拟时，能量极小化正常，显示达到收敛标准，运行md时会出现LINCS warnings报错，检查报错步骤的结构发现会出现如图中所示结构明显不合理的情况（基本都在图中所示的同一个位置，会胡乱连键），络合物结构是用高斯优化的，具体结构见附件，优化所用基组泛函如下图所示，拓扑文件的产生严格按照sobtop中产生过渡金属配合物二茂铁的方法，请问是哪里出了问题，是铜的力场参数不合适吗？该如何解决呢？

其中该络合物为+1价，盒子大小为3×3×3，做了以下尝试：
（1）只加抗衡离子Cl，不加水，在盒子里跑md还是能量极小化正常，显示达到收敛标准，运行md时会出现LINCS warnings报错
（2）不用该络合物结构，把金属离子直接添加到抗生素络合位点附近，由于GROMACS自带的amber力场中没有Cu，有Zn，选择用Zn代替尝试，运行md50ns一切正常，Zn离子能够稳定地维持在络合位点，请问如果这样做可行的话，Cu的参数该如何获取呢？

Rowena

SharkYYX2025 发表于 2026-7-24 11:47
看看这个，按这个逐项排查。Sobtop  http://sobereva.com/soft/Sobtop/
FAQ 8：为什么我基于Sobtop产生的 ...

最近用MCPB也偶尔会遇到这种氢氧之间强静电吸引导致跑崩的情况，个人感觉主要还是GAFF里面的羟基氢LJ都是0，换用GAFF2以后氢自带的LJ参数可以多少带来一些排斥避免这种情况。合适的时候直接把1-4删掉也挺好的

SharkYYX2025

看看这个，按这个逐项排查。Sobtop  http://sobereva.com/soft/Sobtop/
FAQ 8：为什么我基于Sobtop产生的拓扑文件，在动力学模拟过程中GROMACS报错/崩溃？
比如先把步长改成1fs或者0.5fs。还有一个方法就是，先NVT一小段，不崩溃再正常NPT
不行的话可以上传输入输出文件

注意这段话：http://sobereva.com/soft/Sobtop/
仔细观察轨迹：通过在VMD里看动力学轨迹，经常从肉眼上就能发现结构变化不合理的地方，进而判断出崩溃的原因。比如拓扑文件里少了个bond项，自然会导致动力学过程中该维持住的地方散架；再比如某个键角参数的平衡值或力常数严重不合理，很容易造成结构严重扭曲，这显然从轨迹里是能看出来的。如果动力学模拟刚一开始就崩溃，为了便于找原因，可以把nstxout设为1（或很小的值），这样每一步的结构都会输出到轨迹文件里便于细致分析结构变化，这对于一些特殊情况很有用。比如曾经我用某个程序产生带磺酸基的分子的拓扑文件，看似拓扑文件没任何毛病，但跑起来就是会崩。后来一帧帧地观看模拟开始后的结构变化，发现是磺酸基上的氢在一瞬间跑到距离氧很近的地方去了。分析发现是由于这个基团上的氢带的电荷很正，氧的电荷很负，它们彼此间有1-4静电作用项因此有很强的静电吸引，再加上氢的质量很小、很容易运动，导致了上述看到的问题。像这种情况，可以把1-4作用项去了（从[ pairs ]中删除对应的），也可以把氢改成质量更大的重氢（在[ atoms ]里改原子质量）减缓其运动，或者用很小的模拟步长。显然，从拓扑文件和参数中找出原因必须对拓扑文件里的各种项、力场的函数形式都理解得很清楚才行。

牧生

看一下第5楼

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=28435