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[综合交流] 像我所给出的这种审稿意见,这个稿子算不算是直接被我毙了?

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本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-1-10 18:45 编辑

遇到一个稿子,扛着B3LYP去算卟啉分子和二乙胺之间的远程作用,俩分子距离长达4埃……其实这种扛着B3LYP去算远程作用的稿子我一直是毙掉拉倒,但是今天这个稿子让我犯了难,人家算出来的东西,跟实验结果相互印证,对应滴杠杠的好!

于是这个审稿意见我就这样写了……其实还是毙了吧……:(

To Author:
Effects of axial ligands on zinc tetraphenylporphines are carefully calculated in the present manuscript. It is found that the axial ligands have effects on the vibrational spectrum. As a result, I recommend acceptance of this paper for publication in Vibrational Spectroscopy. However, some revisions should be made before the final acceptance in terms ofthe expression.
1)In principle, B3LYP is not suitable for the systems with long-range interaction including the porphine-diethylamine and porphine-dichloromethane shown inFigure 2. For detail, please see Acc. Chem. Res., 2008, 41, 157; WIREs Comput. Mol. Sci., 2011,1, 211. However, to my surprise, the B3LYP calculating results are in good agreement with the experimental results in the present manuscript. Please explain the validity of the B3LYP method for the present systems with long-range interaction.
2)In the fourth paragraph of the Introduction section, “6-31G++(d,p)/B3LYP or 6-31G(d)/B3LYP” should be changed into “B3LYP/6-31G++(d,p) or B3LYP/6-31G(d)”.
3)Section 3.2 and the first paragraph of Section 3.1 should be moved into Section 2. In addition, the title of Section 2 should be changed into “Experimental and Computational Details”.

To Editor:
The work is careful, while the calculation is confusing. In principle, B3LYP is notsuitable for the systems with long-range interaction including the porphine-diethylamine and porphine-dichloromethane shown in Figure 2. However, to my surprise, the B3LYP calculating results are in good agreement with theexperimental results in the present manuscript. Please pay attention to this strange phenomenon. If "error cancellation" or something else is the possible reason, the authors should point it out. In my view, there are three possible reasons:
1)Error cancellation: This is unlikely.
2)These properties are not affected by long-range interactions. However, the authors claim that the axial ligands have effects on the vibrational spectrum.
3)False data.
Perhaps there are still some other possible reasons.

我预感作者将会落入一个陷阱:
如果他说B3LYP确实不能正确描述卟啉分子和二乙胺之间的远程作用,在这种情况下,理论值和实验值又符合的那么好,只能说那么他所谓的二乙胺对卟啉分子的红外光谱的影响将不成立。
如果他说B3LYP能够描述卟啉分子和二乙胺之间的远程作用,那么他将遇到理论难题。

坐看作者如何解困

我是不是太坏了:P,不过谁让他啥也不想就扛着B3LYP去算远程作用咧!再说,作者又不是中国人,我管他死活呢。

给中国人审稿,手一定要松!给日本人审稿,就一定要本着吹毛求疵的精神去狂挑毛病!给其他国家的人审稿,那就有一说一好了,无情绪

正在犹豫要不要就这样回复给编辑部:D

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发表于 Post on 2021-2-26 10:44:43 | 只看该作者 Only view this author
6-31G++**应该改成6-31++G**吧
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-2-26 10:29:06 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2015-1-30 00:25:52 | 只看该作者 Only view this author
虎王 发表于 2015-1-29 20:44
这种体系用M06或M06-2X之类的泛函会否好点?不过计算量挺大。

论精度用M062X理应会更好,而且用它的话也不会招致审稿人吐槽
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-1-29 20:44:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-10 19:20
乙二胺局部极性比较明显,可能是由于它与卟啉的静电相互作用(或者极化效应)起到明显的主导性,使得B3LYP ...

这种体系用M06或M06-2X之类的泛函会否好点?不过计算量挺大。

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发表于 Post on 2015-1-29 20:42:53 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2015-1-11 10:53
哎呀,谢谢sob提醒!(虽然俺不知道是哪位sob的回复)
我确实没考虑到静电引力!

因为与其说B3LYP不适合描述长程作用力,还不如说不适合描述范德华力(色散力)。
另外,小卒哥最近何在?

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发表于 Post on 2015-1-13 18:57:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-10 19:20
乙二胺局部极性比较明显,可能是由于它与卟啉的静电相互作用(或者极化效应)起到明显的主导性,使得B3LYP ...

碰到这个问题,就跑过来了,幸亏自己算的不是色散作用在主导,算得是矿物分子与极性化合物之间相互作用,是极性分子之间的相互作用,不然用b3lyp算就是白算了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-12 13:49:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-1-12 13:51 编辑
fhh2626 发表于 2015-1-12 12:11
审稿保持中立就行了,带上偏见不仅有失风度,而且也没用。。。
主编一天经手的稿子可能比你一辈子审的还多 ...

结合sob的提醒,修改了下审稿意见,已经杀了;P谢谢关注又及:本来不必杀的。虽然作者单位是美国的单位,但是作者的名字读着很像日本人,杀!
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发表于 Post on 2015-1-12 12:11:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fhh2626 于 2015-1-12 12:32 编辑

审稿保持中立就行了,带上偏见不仅有失风度,而且也没用。。。
主编一天经手的稿子可能比你一辈子审的还多,审稿人怎么想的,他们清楚着呢

但是我认为这种稿子是可以直接闭的。。。因为这种错误代表作者没有相应的基础知识,不适合做这行

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发表于 Post on 2015-1-11 16:58:29 | 只看该作者 Only view this author
希望以后的稿子能到楼主手里。记得我啊。
华北电力大学数理学院,理论与计算化学,团簇、表面的结构与反应机理。(招第一性原理计算,量子化学计算方向的教师、硕士/博士研究生)

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发表于 Post on 2015-1-11 12:05:32 | 只看该作者 Only view this author
加Grime的色散矫正应该很有必要吧,确实有些体系B3LYP加色散矫正能够形成稳定的复合物结构,
不加的话优化会导致几乎解离的结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-1-11 10:53:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-10 19:20
乙二胺局部极性比较明显,可能是由于它与卟啉的静电相互作用(或者极化效应)起到明显的主导性,使得B3LYP ...

哎呀,谢谢sob提醒!(虽然俺不知道是哪位sob的回复)
我确实没考虑到静电引力!
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发表于 Post on 2015-1-11 06:07:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老大的意见稳妥一些

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发表于 Post on 2015-1-10 21:33:39 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2015-1-10 19:48:04 | 只看该作者 Only view this author
楼主这种审稿是没错的。但是最后关于审稿与国籍的关系未免有失学术风度

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rtransformation + 1 就是就是,嘿嘿

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