Gaussian里的clean功能大家到底用不用

kyuu · 发表于 Post on 2017-7-7 09:17:46

建模后，Gaussian里的clean structure功能确实是挺实用的，但是用过clean之后直接做结构优化可能算出来的不是最优的结构，一般建议是拉一下某个键长，
其实我想问大家，1.用不用clean功能，2. 拉不拉键长，拉多少 3. 选择哪里的键比较合适
如果是螯合物的情况下，是改金属原子附近好还是其他部分不太重要的键？

Huschein · 发表于 Post on 2024-1-26 19:08:40

steven 发表于 2017-7-7 09:43
我也挺想知道这个问题.
有个师兄告诉我不用clean,建完之后先半经验优化一下,我也是一直这么做的

看过一些benchmark的文章，至少PM6 PM7这种半经验方法，其实未必比MMFF要更好，有时候甚至表现更差

FuHao · 发表于 Post on 2024-1-26 18:45:51

各位前辈，我有个问题，gauss view的小扫帚（clean）能不能只clean部分原子？就是只clean我选中的部分原子？有没有什么快捷键可以操作？

kyuu · 发表于 Post on 2019-10-1 14:55:21

Accelerator 发表于 2019-9-29 12:12
从来不用Chem3D
clean非常方便少数几个缺点就是对于大体系可能会卡很久以及有些时候会陷入奇怪的构象（ ...

。。。。掘墓者
不是闭环结构，最好不要轻易用扫把工具，结构偶尔会扫的非常怪

JYM· · 发表于 Post on 2019-10-1 09:54:47

sobereva 发表于 2019-10-1 07:55
是

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-1 07:55:20

JYM· 发表于 2019-9-29 23:11
谢谢sob老师！那UFF优化的快捷键scheme具体要怎么设置呢？是把 keywords 写成 UFF opt 就可以了吗？谢谢 ...

是

JYM· · 发表于 Post on 2019-9-29 23:11:01

sobereva 发表于 2019-9-29 02:35
显然不是
UFF对应的是UFF力场

谢谢sob老师！那UFF优化的快捷键scheme具体要怎么设置呢？是把 keywords 写成 UFF opt 就可以了吗？谢谢老师！

Accelerator · 发表于 Post on 2019-9-29 12:12:32

从来不用Chem3D
clean非常方便少数几个缺点就是对于大体系可能会卡很久以及有些时候会陷入奇怪的构象（再手动调一调再clean就行了）
虚线键往往clean出来会太长此时手动拉一拉是有好处的不过找过渡态都是先冻结一两个自由度做限制性优化拉不拉区别不大

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-29 02:35:20

JYM· 发表于 2019-9-28 15:30
sob老师您好，请问一下 UFF opt 就是用 PM6 进行预优化吗？也就是跟找过渡态可以先用便宜的基组算一下是 ...

显然不是
UFF对应的是UFF力场

JYM· · 发表于 Post on 2019-9-28 15:30:58

sobereva 发表于 2017-7-11 21:50

sob老师您好，请问一下 UFF opt 就是用 PM6 进行预优化吗？也就是跟找过渡态可以先用便宜的基组算一下是一个道理吗？谢谢老师！

非柳暗花明 · 发表于 Post on 2017-9-4 21:08:35

kyuu 发表于 2017-9-3 17:49
Save as里文件格式选Gaussian(.gjf) 另计算也可以走Chem3D里的Gaussian接口

谢谢

非柳暗花明 · 发表于 Post on 2017-9-4 21:08:24

冰释之川发表于 2017-9-4 08:54
输出直接选择*.gjf格式呀

谢谢

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-9-4 08:54:28

非柳暗花明发表于 2017-9-3 15:50
请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的M ...

输出直接选择*.gjf格式呀

kyuu · 发表于 Post on 2017-9-3 17:49:02

非柳暗花明发表于 2017-9-3 15:50
请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的M ...

Save as里文件格式选Gaussian(.gjf) 另计算也可以走Chem3D里的Gaussian接口

非柳暗花明 · 发表于 Post on 2017-9-3 15:50:04

本帖最后由非柳暗花明于 2017-9-3 15:52 编辑

冰释之川发表于 2017-7-7 18:47
话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

请问Chem3D里用MM2或者MMFF预优化后，输出文件什么格式能再用高斯计算？与Spartan Wavefunction 的MMFF预优化一样么？麻烦了

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