计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 18860|回复 Reply: 26
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[MRCC/CFOUR] 用MRCC软件对一些耦合簇方法的测试

[复制链接 Copy URL]

482

帖子

10

威望

6946

eV
积分
7628

Level 6 (一方通行)

BSJ Institute

MRCC是由匈牙利布达佩斯大学开发的主攻高精度量化计算的软件包,其亮点在于可用于任意阶耦合簇(包括其各种微扰近似)和组态相互作用,并有对应的解析梯度。

笔者将对该软件的耦合簇功能进行试用。限于笔者的电脑的计算力(Xeon E5 2696V3),CC只算到三阶;引入微扰近似后只算到四阶,即最高计算水平为CCSDT(Q).
使用水分子和羟基负离子用于测试,结构在M06-2X/def2-TZVP下优化得到。
MRCC程序的输入文件和操作流程都比较独特。输入文件在提交计算时必须改名成MINP(必须大写)才可计算,对应的命令为dmrcc > xxx (xxx为输出文件的名称)
输入文件格式如下图:
CC(3)(4)对应CCSDT(Q)。这样计算同时会输出CCSDT[Q]的结果。
虽然官方手册上写并行计算需要使用MPI并有一些特殊操作,但亲测提交任务后自动并行占满全部CPU.
用aug-cc-pVTZ基组,测试了水分子和羟基负离子在HF, CCS(D), CCSD, CCSD(T), CCSD[T], CCSDT, CCSDT(Q), CCSDT[Q]下的能量(CCSDTQ或更高阶的耗时已经不可接受)。
输出文件是这个画风:
然后是相关能,以CCSDT(Q)结果作为标准:
低于三阶的耦合簇误差都相当大,而CCSD(T)的结果和CCSDT相当甚至更好。进一步加到四阶后并没有显著改进。
同时还把MRCC的CCSD(T)结果与Gaussian相同条件下的结果进行了对比,几乎相同(区别在于输出值的最后两位)。
这是MRCC程序实现的不同方法的CPU时间比较。可以看到引入第n阶的微扰近似后耗时与无近似的(n-1)阶CC相同,而精度几乎没有损失。
同时还检查了羟基负离子结合质子生成水的气相反应能(只考虑电子能量),仍然以CCSDT(Q)结果为基准:
其中DFT方法用Gaussian实现。M06-2X在相同基组下表现相当好。由于这个反应涉及阴离子,因此M06-2X/def2-TZVP表现不太好也是可以理解的;尽管如此,误差这么大甚至差于HF还是令人意外。
同时还做了一个测试,把构型优化水平改到B3LYP/6-31G*,以刚才M06-2X/def2-TZVP构型得到的CCSDT(Q)反应热为标准,观察各种CC和DFT水平算出的结果的误差。
CCSD(T)和CCSDT(Q)的结果和之前几乎相同,而之前表现较好的M06-2X/aug-cc-pVTZ的误差则大得惊人。令人惊讶的是此时采用较小的基组的DFT水平(如B3LYP/6-311+G**)反而误差较小。这从一定程度上说明对于低水平的构型优化,单点能计算可能未必水平越高越好,而是存在微妙的误差抵消现象。
最后比较一下MRCC和Gaussian的运行效率。全部采用36核心(18物理+18超线程)时,水分子的CCSD(T)单点,MRCC总CPU时间高达28.7min, 而Gaussian仅仅3min左右。说明MRCC程序其实在性能上并没有任何优势。
最后,由于本文中只测试了一个体系,因此对诸多方法精度等的测试很难说有普遍意义,需要谨慎采信。

ps 本文最早发在微信公众号“清化科协”上(微信号:THUchemST),我作为作者转到了这里,同时也希望宣传一下这个公众号←_←

115

帖子

1

威望

1122

eV
积分
1257

Level 4 (黑子)

27#
发表于 Post on 2020-8-19 22:02:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ldatea 于 2020-8-19 22:28 编辑
zjxitcc 发表于 2020-8-19 10:00
不好意思我想问得详细点儿,是哪部分没重复出楼主的计算结果?某个电子能量?某个相对能量?打开表格没看 ...

我用的计算方法和基组没有严格对应,现在直接给出不能重复的地方。先前的表格把基组从aug-cc-pvtz改成jun-cc-pvqz,把冻芯去掉,对于水和氢氧根也没啥影响(单点能差398kcal/mol附近)。这里冻芯对反应能的结果大一点。(为了一眼就能看懂,没贴额外信息)

1.楼主的图中,CCSD(T)和CCSDT(Q)相差无几
2.第 4 张条形图中M06-2X/aug-cc-pvtz//b3lyp/6-31g*与CCSDT(Q)/aug-cc-pvtz//M06-2X/def2-tzvp相差12.1kcal/mol

3.我算出来的M06-2X/aug-cc-pvtz//b3lyp/6-31g*与CCSD(T)/aug-cc-pvtz//M06-2X/def2-tzvp相差1.1kcal/mol
这三条里无论如何,至少有一条是错的。


1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

26#
发表于 Post on 2020-8-19 15:35:31 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-8-18 22:58
不知道为什么,我用G16无法重复你的结果。我使用的能量参考值时CCSD(T)/jun-cc-pvqz下的能量,和CCSDT(Q)差 ...

这很容易理解,因为直线往任意方向弯的受力是平衡的,所以用受力优化怎么优化都是直线,这也是几何优化之后有虚频,消虚频的时候为什么要手动破坏对称性。对称的结构一定是能量极值点,但未必是极小值点。

4289

帖子

4

威望

9554

eV
积分
13923

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

25#
发表于 Post on 2020-8-19 10:00:38 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-8-18 22:58
不知道为什么,我用G16无法重复你的结果。我使用的能量参考值时CCSD(T)/jun-cc-pvqz下的能量,和CCSDT(Q)差 ...

不好意思我想问得详细点儿,是哪部分没重复出楼主的计算结果?某个电子能量?某个相对能量?打开表格没看出所说的问题在哪儿
自动做多参考态计算的程序MOKIT

115

帖子

1

威望

1122

eV
积分
1257

Level 4 (黑子)

24#
发表于 Post on 2020-8-18 22:58:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ldatea 于 2020-8-18 23:52 编辑

不知道为什么,我用G16无法重复你的结果。我使用的能量参考值时CCSD(T)/jun-cc-pvqz下的能量,和CCSDT(Q)差不了多少。
我的结论是:
此体系中,
1.  只要结构是接近的,不同的几何优化结果对最终能量的影响很小,大概就是0点几kcal/mol
2.  算阴离子体系能量不加弥散函数结果会很烂
这两条通常都是成立的

如果你的结果是对的,就说明  小基组几何优化+大基组单点   在这个体系会严重不符。虽然不是说一定不可能,但在这么一个很正常的体系里出这种事会非常非常怪。

另外还发现一个很神奇的事,如果把水摆成直线几何优化(键拉长的情况下,键压缩的情况我还没试过),即便用nosymm,(没算Hessian时,没尝试过算Hessian的情况)在M06-2X/def2-tzvp下总是会优化出一个直线的构型。



能量差.xlsx

11.97 KB, 阅读权限: 10, 下载次数 Times of downloads: 2

15

帖子

0

威望

71

eV
积分
86

Level 2 能力者

23#
发表于 Post on 2018-2-9 16:37:04 | 只看该作者 Only view this author
您好,能发一下MRCC的安装软件吗?940469319@qq.com

310

帖子

3

威望

6410

eV
积分
6780

Level 6 (一方通行)

22#
发表于 Post on 2017-7-24 22:31:18 | 只看该作者 Only view this author
MRCC慢在了积分变换以及排序上,它的CCSD(T)的算法本身更快。高斯的积分变化出奇的快,CCSD(T)的话,molpro更稳健一些。
欢迎使用量子化学软件Amesp

194

帖子

0

威望

3694

eV
积分
3888

Level 5 (御坂)

21#
发表于 Post on 2017-7-24 01:02:46 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2017-7-22 09:15
CCSDT和CCSDT(Q)可以用cfour 2.0做。人写的代码比计算机产生的代码效率高

展开说说?automatical implementation的挑战在哪里?

2494

帖子

11

威望

7054

eV
积分
9768

Level 6 (一方通行)

20#
发表于 Post on 2017-7-23 08:15:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 22:33
你直接下载预编译好的包,把路径加入到$PATH里直接就能用

感谢大博士

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

19#
发表于 Post on 2017-7-22 23:10:28 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2017-7-22 22:34
可能是版本问题,需要用2014年的2.0beta版

是我搞错了,之前机子里有cfour v1版,明明编译了v2 beta,结果不知怎么回事跑的是v1。删了v1版现在CCSDTQ能正常计算了。谢谢提示。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

744

帖子

21

威望

5351

eV
积分
6515

Level 6 (一方通行)

18#
发表于 Post on 2017-7-22 22:34:21 | 只看该作者 Only view this author
可能是版本问题,需要用2014年的2.0beta版

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2017-7-22 22:33:53 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2017-7-22 09:27
MRCC能做极化率和超极化率计算吗?

另外能把安装的过程写一点吗?

你直接下载预编译好的包,把路径加入到$PATH里直接就能用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2017-7-22 22:12:04 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2017-7-22 17:32
需要设定CC模块:CC_PROGRAM=NCC
现在只能算闭壳层单点能
http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour/in ...


设了NCC后提示Option NCC for keyword CC_PROGRAM  not known.  Default used.,结果自动用的还是VCC,最终CCSD和CCSDTQ结果相同,输出文件附上了
官网上看貌似NCC在公开版本里没有:http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour/index.php?n=Main.CCModules

CCSD

36.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

CCSDTQ

36.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

744

帖子

21

威望

5351

eV
积分
6515

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2017-7-22 17:32:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 10:26
你说的2.0是非公开版本么?
用公开版本,写CALC=CCSDT(Q)时候发现结果和CCSD一样。貌似公开版本最高就 ...

需要设定CC模块:CC_PROGRAM=NCC
现在只能算闭壳层单点能
http://slater.chemie.uni-mainz.d ... hp?n=CFOURV2.00beta

691

帖子

2

威望

4253

eV
积分
4984

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2017-7-22 15:42:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-7-22 10:26
你说的2.0是非公开版本么?
用公开版本,写CALC=CCSDT(Q)时候发现结果和CCSD一样。貌似公开版本最高就 ...

CFOUR貌似在今年秋天之前发布新版本
A new release of CFOUR should happen no later than autumn 2017

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 11:10 , Processed in 0.176771 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list