nwchem做MD时，有机小分子如何准备？

aixin · 发表于 Post on 2015-1-20 00:29:30

各位前辈、高手，请问应用nwchem做含有有机小分子的体系，如果准备有机小分子？
我是构建小分子，然后进行几何优化，进行ESP计算后。拟合得到resp电荷。
然后依据Amber99的原子类型，手动添加有机小分子的原子类型，获得了 fragment file。
上述过程也获得了优化后的有机小分子pdb文件。请问，我还需要准备什么文件呢？
还是说现在可以用nwchem的prepare模块生成topology文件了？谢谢！

smutao · 发表于 Post on 2015-10-30 22:35:19

nwchem那粗糙的manual读来真是醉了

greatzdk · 发表于 Post on 2015-10-30 12:05:06

xialaxiu 发表于 2015-10-30 00:52
AMBER也收费。但是CHARMM的手册写得真是繁杂无比

习惯就好

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-30 04:47:39

xialaxiu 发表于 2015-10-30 00:52
AMBER也收费。但是CHARMM的手册写得真是繁杂无比

Amber价格很便宜，而且已经几乎免费了，就剩一个PMEMD收费。

xialaxiu · 发表于 Post on 2015-10-30 00:52:52

sobereva 发表于 2015-10-29 08:55
CHARMM收费，而且又有免费的NAMD在

AMBER也收费。但是CHARMM的手册写得真是繁杂无比

sobereva · 发表于 Post on 2015-10-29 08:55:53

xialaxiu 发表于 2015-10-29 05:33
国内好像用AMBER和Gromcs比较多，用CHARMM都比较少。不知道是什么原因？

CHARMM收费，而且又有免费的NAMD在

xialaxiu · 发表于 Post on 2015-10-29 05:33:29

sobereva 发表于 2015-1-20 00:33
用nwchem做基于力场的动力学的人比较少，虽说有这个功能。何不用amber来做？

国内好像用AMBER和Gromcs比较多，用CHARMM都比较少。不知道是什么原因？

aixin · 发表于 Post on 2015-1-20 01:06:17

谢谢您的回复。我是想用它来做qm/mm的。但在做qm/mm之前我想先用常规md跑一下。不想换成其它软件。所以请教了。谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2015-1-20 00:33:41

用nwchem做基于力场的动力学的人比较少，虽说有这个功能。何不用amber来做？

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