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[灌水] 如何鼓捣一个油画风的蛋白玩具【实操】

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本帖最后由 kunkun 于 2017-8-9 12:01 编辑

本帖子主要论述了如何打造蛋白玩具的过程。

【前言】
刚刚从学校毕业的楼主,处于待业状态,闲来无事,就想多看点资料多学习学习。结果在学习过程中无意中看到了如下图的:





楼主一下子就兴奋了(g?),正准备下单的我看到这么一句话:



但是对玩具的渴望深深地笼罩这我,于是询问了我爱做模型的师弟后,被告知可以用黏土来建模。
但是楼主是一个懒人,还要手动去捏黏土实在不是我的风格。

不知道为什么,就是那么得巧,某度向我推荐了 某 3D打印(不打广告),于是楼主打开了该链接;发现可以上传STL文件来进行3D打印!

但是STL文件又怎么来呢??于是某度一番;




内心:经过了优化的算法,第一条的可信度好像还挺高??!!

认真看完视频的楼主下载了很多软件(部分展示)
比如:


好几个软件动则好几个G,还是一大堆英文。只能说看得我头晕目眩。
鼓捣了一下午之后,还是没搞出来什么屁!!心想着算了,还是去继续学习吧。

于是楼主重新打开了谷歌搜索准备看点东西。

不知道为什么自己不受控制地却输入了一下的字眼。



???

好像很可信,我小心翼翼地点开了链接。居然发现了一个电脑里常用的软件可以轻而易举地做到这一步!

其实它就是:



wtf.

暗喜中的我不敢独食,于是把整个步骤都发出来和大家共享一下。

【以下是具体的操作】

1. Load molecule into VMD ( http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ )
2a. If rendering as a cartoon, thicken the model so as to convey structural rigidity onto the final print. Choose an aspect ratio of about 2, thickness of about 1.
2b. If rendering van der Waals surfaces, set the atomic radii to be about 1.4.
3. Turn off the XYZ Axes, otherwise they will be rendered too.
4. Render as an STL file.
5. Use a program such as netfabb to repair the stl (the ones from VMD are often not manifold or orientable).

楼主按照以上的说明操作了一番 果然得到了STL文件。

然后上传到了某3D打印平台,发现打彩色的模型真的很贵。50几个氨基酸的3色模型就要400+了。大家都知道 刚毕业的学生是很穷的。


所以我选择了自己上色的路子... 下单了乳白色的蛋白模型。

进过了淘宝了一番,我发现丙烯颜料只要18块(不打广告),还包邮。吓得楼主立马就下单了;(真的是屌丝行为)


还是12色的,楼主天真的以为可以靠自己调出完美的颜色?(7岁那年上过水彩兴趣班)


(后期证明,兴趣班都是**)
【进过漫长的36小时等待...】

这家打印选的是顺丰。说你们都不信,邮费到付居然要25? 简直占据了我模型一半的费用??!


好吧,都下单了。就不要想那么多。

【分享一下上色的过程吧。】

首先是没有上色的模型:

(说好的不上色呢?楼主真的是兴奋过头忘记拍照,直接上手就搞它了,猴急)

上色的过程除了脖子有点酸以外,其他的都还好。

一开始楼主还以为丙烯颜料有毒,带了个口罩。呵呵。都不好意思说自己参加过科音的培训了。



上色一半,突然才发现,玩具的整体风格有点low。。。
不过没关系,我们可以走超现实主义的流派。



初步成品图:


于是楼主坚持把颜色上完了....
其实还是可以的...呵呵(几十块钱的 怎么能和别人精准喷色的好)
不过没关系。还可以在优化优化。

对比一下pymoll里面的上色。



楼主重新优化了一下上色,选择了更加鲜艳,更加年轻的颜色。
果然,一下子就不同了,整个蛋白变得有活力起来!!

细看有一些纹理,但是不影响整体的效果,整体风格趋向于类似有点像.....油画吧??
这个小东西放在桌子上的效果还是不错的。对于手残的楼主来说 第一次上色还是算成功了!
(PS:α螺旋里面的上色难度极高,很容易粘到其他的颜色!)


经过三个小时的努力,也算是大功告成了。有心人天不负!
希望楼主的经验可以给有相同兴趣爱好的同学带来启示作用。































































































































【最后】
那么就让我们进入真正主题吧:

现在正式拍卖我的处女作:
画名:蓝色生屎恋


拍卖所得均纳入楼主的钱包 供吃饭使用。



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沽宁 + 3 以后打印玩具就靠VMD,lz2333333
啃骨魔 + 5 了不起的行动党

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主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

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truffle

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发表于 Post on 2019-3-19 10:24:27 | 只看该作者 Only view this author
动手能力和行动力都很强

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No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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发表于 Post on 2019-3-19 07:04:34 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2019-3-18 22:27
这么久的帖子都被你挖出来了

嘿嘿,我是刨坑小能手。主要是昨天群里有人讨论过,我就过来看看了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-18 22:27:08 | 只看该作者 Only view this author
lonemen 发表于 2019-3-18 14:38
超级厉害,佩服

这么久的帖子都被你挖出来了
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发表于 Post on 2019-3-18 14:38:57 | 只看该作者 Only view this author
超级厉害,佩服

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发表于 Post on 2017-8-23 08:36:15 | 只看该作者 Only view this author
大触!
欢迎使用量子化学软件Amesp

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发表于 Post on 2017-8-16 17:57:01 | 只看该作者 Only view this author
显然是个优秀的学生,学习能力很强,动手能力更强。

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发表于 Post on 2017-8-16 16:50:39 | 只看该作者 Only view this author
厉害

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发表于 Post on 2017-8-10 20:54:14 | 只看该作者 Only view this author
这个相当可以有。

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kunkun + 5 我很赞同

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发表于 Post on 2017-8-9 16:05:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-3-18 14:44 编辑

机智!之前咋没想到可以用3D做这货

以及如果是用ABS做的3D打印,用丙酮蒸汽熏一熏效果会好很多(相当于“磨皮”)。找个平底盘子倒上丙酮,弄个金属块、架子之类的放在中间,把3D打印的东西放在架子上;找个大烧杯,壁上贴滤纸延伸到杯口并折出,扣在盘子上。等几个小时拿出来,光可鉴人~~

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kunkun + 5 不明觉厉 哈哈哈 楼主胆小不敢玩丙酮

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给dalao们倒茶

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发表于 Post on 2017-8-9 14:34:44 | 只看该作者 Only view this author
涨姿势了,哈哈哈,楼主辛苦。
淡泊以明志,宁静以致远。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-9 11:33:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-9 11:19
不是图多的问题,是发图前没有把图像像素和格式进行调整(估计直接是相机拍照后直接传的),导致一张jp ...

的确是手机拍的…… 哈哈 我稍后进行下调整!!
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发表于 Post on 2017-8-9 11:19:11 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2017-8-9 01:18
我擦..这个图片有点多,读取速度好慢..


不是图多的问题,是发图前没有把图像像素和格式进行调整(估计直接是相机拍照后直接传的),导致一张jpg照片甚至有3、4MB
强烈建议上传图像时图像宽度不超过1000像素,并且对于色彩变化丰富的图用jpeg格式,并且适当设定jpg压缩率,这样一张图最多超不过500KB。这样大家打开更快,也节省论坛空间(可以重新编辑帖子,删除原先的图)
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发表于 Post on 2017-8-9 09:44:25 | 只看该作者 Only view this author
挺有意思

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发表于 Post on 2017-8-9 01:25:07 | 只看该作者 Only view this author
楼主太可爱了,哈哈。感谢分享!又学了一招

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