使用NAMD将大分子complex用几个球体表示，并进行模拟

Will_h · 发表于 Post on 2017-8-16 00:25:28

大家好，目前本人刚刚接触分子模拟，有个小任务，目的是将一个生物大分子在NAMD中先用几个球体（10几个左右的级别，不超过100个）将其轮廓完整包围起来，来''代替''分子，之后在进行动力学的模拟。几个球体包围成型后要求相对位置不变且可以一起移动（详解手画图示），可以理解为极端的粗粒化，即用几个分子大球表示分子，只要分子轮廓都被包围进去即可。各位大神有什么思路可以分享吗？我自己试过用martini力场在NAMD里面用CG的插件粗粒化，但是程度太低了，达不到想要的效果。请问大家有什么好的想法吗？谢谢！另外，是不是martini的cgc文件也是可以编辑然后做到粗粒化后每个大分子只剩几个分子来表示呢？
谢谢大家！

Will_h · 发表于 Post on 2017-8-18 05:04:55

fhh2626 发表于 2017-8-16 10:12
用shape-based CG，VMD的CG插件里面有

明白！谢谢你！！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-8-16 10:12:59

用shape-based CG，VMD的CG插件里面有

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[NAMD] 使用NAMD将大分子complex用几个球体表示，并进行模拟

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