现在有没有水合质子的力场？

kjxwl3 · 发表于 Post on 2017-9-23 16:35:14

大家好，
向大家请教一下，现在有没有水合质子的力场？

沽宁 · 发表于 Post on 2023-3-28 21:25:01

winterzen 发表于 2017-9-25 00:35
我不熟悉Li电池体系，粗略看了一下文章，以下是一点个人的观点：

CHOLi.ff这个力场的原始文献（J. Che ...

你好，请问力场参数优化的trainset.in 和 geo的是自动制备的吗？最近发现https://github.com/cagrikymk/JAX-ReaxFF 这个库虽然很大程度降低了优化ReaxFF参数的难度，但是特别好奇怎么才能得到自己想要研究的体系的trainset.in 和 geo 这两个文件。

KritonX · 发表于 Post on 2022-3-27 11:49:14

您好，我在‘ReaxFF Parameter Optimization with Monte-Carlo and Evolutionary Algorithms: Guidelines and Insights‘ （https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.9b00769）一文中看到他们用DFT计算+蒙卡优化，想请问下这样的优化reaxff方式是否比训练机器学习势再计算力场要成本低些呢？

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-8-21 12:07:00

fhh2626 发表于 2020-8-21 11:14
直接在ADF官网上下个安装包不就行了

不行呀，他这个下载要登陆账号，还没有注册的地方。。。

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-8-21 11:51:57

fhh2626 发表于 2020-8-21 11:14
直接在ADF官网上下个安装包不就行了

好的，谢谢，我试试

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-8-21 11:14:54

zxs1127 发表于 2020-8-21 08:51
您好，可否能给个ADF势函数文件的百度云链接，他们的客服一直加不上。。

直接在ADF官网上下个安装包不就行了

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-8-21 08:51:27

fhh2626 发表于 2020-6-26 09:15
你下个ADF测试版，所有已发表的ReaxFF都在里面，拷出来用就行了

您好，可否能给个ADF势函数文件的百度云链接，他们的客服一直加不上。。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-6-26 09:15:09

lchdonkey 发表于 2020-6-26 02:41
请问你们这个CHOLi.ff的力场文件都是从哪里找的？我刚开始接触反应力场。发现有些力场文件直接在paper的s ...

你下个ADF测试版，所有已发表的ReaxFF都在里面，拷出来用就行了

lchdonkey · 发表于 Post on 2020-6-26 02:41:11

fhh2626 发表于 2017-9-25 09:58
非常感谢，我发邮件找van Duin要训练集试试，之前我在他们的官网上提交过申请，但是没有回应
...

请问你们这个CHOLi.ff的力场文件都是从哪里找的？我刚开始接触反应力场。发现有些力场文件直接在paper的supporting material里。但是这篇paper里没有给出力场的参数。请问你们都是从哪里找的呀？谢谢啦！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-28 14:03:21

winterzen 发表于 2017-9-28 13:53
论文中这句话的表述容易引起误解，实际上他们拟合程序中的weight就是公式里的σ。
见原始手册第38页：
...

厉害，感谢指正，这样的话training set就可以理解得多了

winterzen · 发表于 Post on 2017-9-28 13:53:28

fhh2626 发表于 2017-9-28 13:43
脑抽说错了，是trainset.in文件

σ是权重的倒数吧

论文中这句话的表述容易引起误解，实际上他们拟合程序中的weight就是公式里的σ。
见原始手册第38页：
http://www.wag.caltech.edu/home/duin/reax_um.pdf

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-28 13:43:05

本帖最后由 fhh2626 于 2017-9-28 13:48 编辑

winterzen 发表于 2017-9-28 13:37
我不记得geo文件里面有weight数值，weight一般写在trainset.in里面，误差公式一般为：

σ是权重，Reax ...

脑抽说错了，是trainset.in文件

σ是权重的倒数吧

"where Xi,t and Xi,ReaxFF are the target quantum mechanical/experimental and ReaxFF values of the ith entry of the training set and σi the inverse weight that determines how accurately the data needs to be fitted with the QM/experimental data."

奇怪，图片不管怎么传长宽比都会变

winterzen · 发表于 Post on 2017-9-28 13:37:40

fhh2626 发表于 2017-9-28 13:19
Geo文件的Weight在是分母？不是吧。。应该就是正常的意思啊

CO权重巨大的原因是CHO-2016的原文突出了 ...

我不记得geo文件里面有weight数值，weight一般写在trainset.in里面，误差公式一般为：

σ是权重，ReaxFF力场开发大部分论文都用的这种误差公式

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-9-28 13:19:13

本帖最后由 fhh2626 于 2017-9-28 13:27 编辑

winterzen 发表于 2017-9-28 12:53
ReaxFF训练时误差公式的权重一般在分母上，数值越大代表那个参考点越不重要，一般键断裂势能曲线在平衡键 ...

Geo文件的Weight在是分母？不是吧。。应该就是正常的意思啊

CO权重巨大的原因是CHO-2016的原文突出了他们训练的参数可以用于研究CO2和CO反应的动力学，但是这样设置这里力场也就没啥普适性了

不过感觉通过调节权重重新拟合应该会得到一个比较好的结果

winterzen · 发表于 Post on 2017-9-28 12:53:32

fhh2626 发表于 2017-9-28 12:38
找Prof. van Duin的学生要了CHO-2016训练集，感觉更不靠谱了。。。

结果居然是通过赋予CO键断裂过程一 ...

ReaxFF训练时误差公式的权重一般在分母上，数值越大代表那个参考点越不重要，一般键断裂势能曲线在平衡键长附近的参考点权重数值设的小一些，远离平衡键长时权重数值大一些。

ReaxFF训练时并不一定能保证所有势能曲线都拟合良好，有时需要牺牲掉一些研究者认为不重要的。具体要问作者才能知道为什么他们把CO的权重设成那样。

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[综合交流] 现在有没有水合质子的力场？