如何进行ESR顺磁谱图的模拟？

nnzhang · 发表于 Post on 2017-10-17 14:49:08

找了一些这方面的文献，但是基本没有详细说明用的什么软件或者是什么基组什么的，有没有哪位大神做过这方面的模拟，提供一下资源或方法，不胜感激？

青花 · 发表于 Post on 2024-12-6 11:26:46

zjxitcc 发表于 2024-12-6 11:22
wzkchem5老师已经解释过了，如果你想看具体细节，可以参考我写的这篇《NMR化学位移和耦合常数计算简介》
...

好的好的谢谢您，感谢两位老师

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-12-6 11:22:45

青花发表于 2024-12-5 22:05
这个要怎么考虑呢，是要手动跑多个构象取平均吗

wzkchem5老师已经解释过了，如果你想看具体细节，可以参考我写的这篇《NMR化学位移和耦合常数计算简介》

青花 · 发表于 Post on 2024-12-6 11:07:52

wzkchem5 发表于 2024-12-5 21:25
检查是不是有构象平均效应，在计算中没有考虑到。例如甲基的三个氢，因为甲基快速旋转，实验上只能观察到 ...

! UKS PBE0 6-31G*

* xyz 0 3
C                1.72419400 3.83488800 3.25260600
C                1.80773000 2.46836800 3.00652400
C                3.02635200 1.87611400 2.69509100
.....
H                0.02016500 3.91925600 5.76839900
H                0.45154200 5.67215700 5.29456100
*

%eprnmr
   gtensor 1
   Nuclei = all H {aiso, adip, aorb, fgrad, rho}
  end

谢谢您。您看这个是我之前的输入文件，是不是很多东西没考虑到啊，

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-5 23:40:33

青花发表于 2024-12-5 15:05
这个要怎么考虑呢，是要手动跑多个构象取平均吗

如果不同的构象化学不等价，那么需要做构象搜索，确保把相关的构象都搜全了，然后分别跑，取Boltzmann平均。
如果不同的构象化学等价，那么把等价的氢的A值做加权平均就行了。
举例：乙基自由基的三个甲基氢的A值手动平均就行了，不需要额外做计算；对甲基环己基自由基因为甲基可能是平键也可能是直键，这两个构象要分别算，取Boltzmann平均

青花 · 发表于 Post on 2024-12-5 22:05:07

wzkchem5 发表于 2024-12-5 21:25
检查是不是有构象平均效应，在计算中没有考虑到。例如甲基的三个氢，因为甲基快速旋转，实验上只能观察到 ...

这个要怎么考虑呢，是要手动跑多个构象取平均吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-5 21:25:04

青花发表于 2024-12-5 10:59
老师好，他们实验峰宽只有零点几，按照实验调小了lwpp之后，反而峰变多变杂了，这种情况要怎么办呢

检查是不是有构象平均效应，在计算中没有考虑到。例如甲基的三个氢，因为甲基快速旋转，实验上只能观察到一个A值，但是计算默认考虑不到转动平均效应，可能给出三个不同的A值，导致峰数比实验更多

青花 · 发表于 Post on 2024-12-5 17:59:23

wzkchem5 发表于 2024-12-4 18:39
对，调节lwpp直至和实验谱图大致相符，然后明确说明这里lwpp是调出来的，不是算出来的，因此峰宽和实验相 ...

老师好，他们实验峰宽只有零点几，按照实验调小了lwpp之后，反而峰变多变杂了，这种情况要怎么办呢

青花 · 发表于 Post on 2024-12-4 21:10:34

wzkchem5 发表于 2024-12-4 20:34
不是。EPR的纵轴是EPR响应信号对磁场的导数（dX/dB，X其实是希腊字母chi），仪器测量的时候通过让B小幅度 ...

太感谢了，明白了，谢谢您

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-4 20:34:38

青花发表于 2024-12-4 12:44
感谢，再麻烦您一下。仪器上设置的Modulation Amplitude是我们用的lwpp对吗，然后实验谱图出来之后展宽与 ...

不是。EPR的纵轴是EPR响应信号对磁场的导数（dX/dB，X其实是希腊字母chi），仪器测量的时候通过让B小幅度振荡，测X振荡的幅度，这样推出dX/dB，Modulation Amplitude就是B小幅度振荡的幅度。根据导数的定义知，Modulation Amplitude越小，结果的系统误差越大，但实验噪音的影响也越大（也就是随机误差越大）。Modulation Amplitude越大，lwpp越大，但Modulation Amplitude趋于零的时候lwpp不趋于0，因为自然展宽、振动展宽等等也会导致非零lwpp，Modulation Amplitude只是总展宽里面仪器展宽的那部分，甚至可能都不是仪器展宽的全部。所以lwpp没有任何理由应该接近或等于Modulation Amplitude

青花 · 发表于 Post on 2024-12-4 19:44:16

wzkchem5 发表于 2024-12-4 18:39
对，调节lwpp直至和实验谱图大致相符，然后明确说明这里lwpp是调出来的，不是算出来的，因此峰宽和实验相 ...

感谢，再麻烦您一下。仪器上设置的Modulation Amplitude是我们用的lwpp对吗，然后实验谱图出来之后展宽与Modulation Amplitude设定值会有一些出入，我们再以实际为准再来计算，是这样？麻烦了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-4 18:39:42

青花发表于 2024-12-4 11:36
谢谢老师，成功导出了。我看之前楼里之前的回复，可不可以理解为H数量过大时，允许增大lwpp（比如lwpp=1 ...

对，调节lwpp直至和实验谱图大致相符，然后明确说明这里lwpp是调出来的，不是算出来的，因此峰宽和实验相符不说明算得准

青花 · 发表于 Post on 2024-12-4 18:36:04

wzkchem5 发表于 2024-12-4 18:04
可以，matlab有一个函数叫做dlmwrite，可以把matlab里的任意向量或矩阵导出成csv格式，具体在matlab帮助 ...

谢谢老师，成功导出了。我看之前楼里之前的回复，可不可以理解为H数量过大时，允许增大lwpp（比如lwpp=1 → lwpp=2）用于抵消一部分未计算的较小A值的峰。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-4 18:04:57

青花发表于 2024-12-4 10:20
请问一下老师们，用orca+easyspin模拟EPR曲线，可以把数据导出用origin作图吗

可以，matlab有一个函数叫做dlmwrite，可以把matlab里的任意向量或矩阵导出成csv格式，具体在matlab帮助窗口里搜

青花 · 发表于 Post on 2024-12-4 17:20:45

请问一下老师们，用orca+easyspin模拟EPR曲线，可以把数据导出用origin作图吗

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[新手求助] 如何进行ESR顺磁谱图的模拟？

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