Dmol3优化晶胞结构

freeEnergy

采用Dmol3对晶胞进行优化，发现坐标更新问题是：优化流程不是在满足能量和力的收敛之后就自动停止计算了么，但是输出文件中显示在三个yes满足后仍然更新了一次坐标，这是为什么呢？ 优化方法是：准牛顿法BFGS计算Hessian矩阵，下面贴出输出文件：

                              Input Coordinates (Angstroms)
          ----------------------------------------------------------------------
               ATOM               X                   Y                   Z
            1    C            -4.918422            8.522557            0.000000
            2    C             1.233008            0.673441            0.000000
            3    C            -2.439825            8.487515            0.000000
            4    C             3.678439            0.711545            0.000000
            5    C             4.933138            0.001139            0.000000
            6    C             6.131378            0.746922            0.000000
            7    C             7.378530            0.039357            0.000000
            8    C             8.609962            0.711941            0.000000
            9    C             8.576713            2.114678            0.000000
           10    C            -0.039902            2.793742            0.000000
           11    C             1.209402            2.072455            0.000000
           12    N             2.370544            2.796165            0.000000
           13    C             3.600270            2.153601            0.000000
           14    C             4.828301            2.895263            0.000000
           15    C             6.085641            2.169318            0.000000
           16    C             7.340316            2.840948            0.000000
           17    C             7.386997            4.251535            0.000000
           18    C            -1.165062            4.904866            0.000000
           19    N             0.006278            4.161175            0.000000
           20    N             3.685080            5.073315            0.000000
           21    C             4.856516            4.329562            0.000000
           22    C             6.144417            4.982933            0.000000
           23    C            -3.648835            6.393531            0.000000
           24    C            -2.394136            7.065119            0.000000
           25    C            -1.136780            6.339204            0.000000
           26    C             0.091253            7.080788            0.000000
           27    N             1.321080            6.438171            0.000000
           28    C             2.482129            7.162045            0.000000
           29    C             3.731449            6.440750            0.000000
           30    C             4.954819            7.119814            0.000000
           31    Co            1.845932            4.617530            0.000000
          ----------------------------------------------------------------------

Hessian Updated using BFGS Update

New Cartesian Coordinates Obtained by Inverse Iteration
Norm of Displacement of Delocalized Coordinates:   0.001644
Norm of Displacement of Cartesian Coordinates:     0.001216

       Cycle    Total Energy   Energy change   Max Gradient   Max Displacement
opt==    7     -1376.0325120     -0.0000053        0.000300       0.000523


                      Step    7                                       <-- DELOC
                                                                      <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
|  delta E  |   -0.530343E-05 |    0.100000E-04 |      Ha    | Yes | <-- DELOC
|  |F|max   |    0.299789E-03 |    0.105835E-02 |      au    | Yes | <-- DELOC
|  |dR|max  |    0.522838E-03 |    0.944863E-02 |      au    | Yes | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC

  Geometry optimization completed successfully in    7 steps.


                              Final Coordinates (Angstroms)
          ----------------------------------------------------------------------
               ATOM               X                   Y                   Z
            1    C             0.001556            0.000865            0.000000
            2    C             1.232999            0.673403            0.000000
            3    C             2.480171           -0.034182            0.000000
            4    C             3.678423            0.711601            0.000000
            5    C             4.933111            0.001172            0.000000
            6    C             6.131365            0.746949            0.000000
            7    C             7.378535            0.039378            0.000000
            8    C             8.609971            0.711921            0.000000
            9    C            -1.263316            2.114651            0.000000
           10    C            -0.039985            2.793615            0.000000
           11    C             1.209334            2.072320            0.000000
           12    N             2.370487            2.796010            0.000000
           13    C             3.600312            2.153593            0.000000
           14    C             4.828332            2.895247            0.000000
           15    C             6.085573            2.169373            0.000000
           16    C             7.340312            2.840941            0.000000
           17    C            -2.452947            4.251549            0.000000
           18    C            -1.165090            4.904899            0.000000
           19    N             0.006172            4.161048            0.000000
           20    N             3.685344            5.073411            0.000000
           21    C             4.856619            4.329561            0.000000
           22    C             6.144460            4.982926            0.000000
           23    C            -3.648806            6.393534            0.000000
           24    C            -2.394054            7.065088            0.000000
           25    C            -1.136809            6.339223            0.000000
           26    C             0.091201            7.080877            0.000000
           27    N             1.321031            6.438448            0.000000
           28    C             2.482174            7.162152            0.000000
           29    C             3.731518            6.440842            0.000000
           30    C             4.954835            7.119829            0.000000
           31    Co            1.845801            4.617303            0.000000
          ----------------------------------------------------------------------

菩城

三个YES之后更新坐标应该是最后要打印出来坐标，既然 successfully了，应该没什么问题

sobereva

我倒不怎么用dmol3，不过达到判断标准后又更新一次坐标倒也合理。毕竟当前这一步的受力，以及估计出来的位移都算出来了，多走一步所需要的信息都有了，何不多走一步让坐标更精确点？