Gaussian09 D版本的编译

ORCA_in_TCC

第一次编译高斯源代码，那是无比的兴奋，零基础摸索到凌晨4点才搞定(我一博后师兄玩到3点)，过程艰辛，但是结果其实很简单。

如果用官方推荐的商业的波兰Fortran编译器pgf77，一切都是很简单的事情了，但是我们用的是免费版intel编译器，所以有些地方得改改：

# 将所有的删除命令全部注释掉

vi  bldg09

#  rm -f -r *.exe *.o *.a

#  rm -r -f temputil

#  rm mdutil.o

#  rm ${x}*.o

#  rm -f -r temputil

# 修改一下mkl数据库的路径

vi setup-make

else if ("$mach" =="ia64") then

  setfcname = "FCN=ifort"

  setblas = "BLAS='' UTIL_NAME='util.a'"

  setblasp = "$blas"

  setpstr = "-p"

  setfcflag = "FC='-L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent'"

  setfcflagp = "FC='-L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent -p'"

  setfc2flag = "FC2='/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64/libmkl_ipf.a'"

setenv LINDA_FORTRAN 'ifort-L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib -WB -i8 -r8 -w -ftz -switchfe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe -static-intel -openmp -fpp2 -auto-O3 -fpemu=silent'

setenv LINDA_FORTRAN_LINK 'ifort -L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent'

setenv POSTFL_FORTRAN 'ifort -L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent'

vi set-mflags

   else if ("$hname" == "amd64") then

     if (-e $xname/istanbul.flag) then

       set mty = ""

       set blstr = "k10h64sse3"

       set specflag = "-Mx,39,0x10000000"

       set mflags = "$mflags X86TYPE='-DX86_TYPE=S'"

     else

       set mty = "k8-64"

       set blstr = ""

       setspecflag = ""

       endif

     set blasname = "amd64$blstr"

     set mflags = "$mflags OPTOI= MMODEL='-mcmodel=medium'SPECFLAG=$specflag

vi ia64.make

INTELDIR =/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144

MKLLIB =$(INTELDIR)/mkl/lib/intel64

# COMPDIR =$(INTELDIR)/lib/ia64   

# I8 machine

I8FLAG = -i8 -r8

I8CPP = -D_IA64_ -DP64 -DPACK64 -DUSE_I2-DI64 -DLITTLE_END -DNO_SBRK \

-DGCONJG=DCONJG -DGCMPLX=DCmplx -DGREAL=DREAL -DGIMAG=DIMAG \

-DUSE_LL -DMERGE_LOOPS -D_ALIGN_CORE_ -DDO_BKSPEF

GAUDIM = 2500

GAUDIMA = $(GAUDIM)00

GAUDIMR = $(GAUDIM)0

GAUDIMS = $(GAUDIM)

NISEC = -DDEFISEC=32

NJSEC = -DDEFJSEC=128

NKSEC = -DDEFKSEC=512

DIMENSX = $(INCDIR) -DDEFMAXRES=$(GAUDIMR)-DDEFMAXSEC=$(GAUDIMS) $(INCDIRG) $(PARFLAG) $(DEBUGP) -DDEFMAXSHL=$(GAUDIMA)-DDEFMAXATM=$(GAUDIMA) \

-DDEFMAXNZ=$(GAUDIMA) -DDEFNVDIM=257 -DDEFMAXSUB=80 -DDEFNBOMAXBAS=10000\

-DDEFARCREC=1024 -DDEFMAXXCVAR=40 -DDEFMAXIOP=200 -DDEFMAXCOORDINFO=32-DDEFMAXCHR=1024 -DDEFMOMEGA=5 -DDEFNOMEGA=6 -DDEFMAXXCNAME=25 -DDEFLMAX=13-DDEFMINB1P=100000000 \

-DDEFXGN3MIN=64 $(NISEC) $(NJSEC) $(NKSEC) -DDEFN3MIN=10 \

-DDEFMAXHEV=2000 -DDEFCACHE=128$(DEFCACHE) \

-DDEFMAXLECP=10 -DDEFMAXFUNIT=5 -DDEFMAXFFILE=10000 -DDEFMAXFPS=1300-DDEFMAXINFO=200 -DR16_OK \

-DDEFMAXOP=384 -DDEFMAXTIT=100 -DDEFMAXRTE=4000 -DDEFMAXREDTYPE=3-DDEFMAXREDINDEX=4 -DDEFMAXOV=500 -DDEFMXDNXC=8 -DDEFMXTYXC=10 $(CTDEBUG) \

$(BLASFLAG) $(PCMDIM) $(I8CPP) -DEXT_LSEEK

RUNCC = gcc

FFLAG0 = -mkl -openmp-no-prec-div -auto -axAVX -fpp3 -pad -WB $(I8FLAG) -w -ftz -fp-relaxed-static-intel -static-libgcc -fp_speculation=safe $(TESTFLAGS) $(PARSWITCH)$(DEBUGF) $(PROFFLAG) $(FPE)

LIBS =-lmkl_intel_thread -lmkl_core -lmkl_intel_ilp64 -liomp5 -lpthread -lm

vi  bldg09

else if ("$x" =="amd64") then

  @i386 = 1

  (cdbsd ; ln -s ia64.make g09.make)   

# 修改好后，最后开始编译，一切顺利的话估计得一个小时。

export g09root=/home/dongbo/g09d_rev

cd $g09root/g09

bsd/install

bsd/bldg09 all ia64 >& compile.log&

# 喜欢刷屏的可以敲一下下面这一行^_^

tail -f compile.log

Warm_Cloud

Daniel_Arndt 发表于 2018-7-29 16:33
本科有门课的老师看过源代码。他当着本科生的面吐槽过其中算双电子积分的代码写得不好。

这个老师曾经在 ...

它那个电子积分，不懂的才会吐槽，看懂了会发现，它几乎把计算机资源给榨干了，而且，算法也是几乎到了极致，没什么油水可捞了。超过它太难了。

sobereva

Daniel_Arndt 发表于 2018-7-29 16:33
本科有门课的老师看过源代码。他当着本科生的面吐槽过其中算双电子积分的代码写得不好。

这个老师曾经在 ...

应该说G的双电子积分写得太好了，效率是所有程序里最顶尖的，自己写过程序与G对比过效率的人的感受才最深

Daniel_Arndt

本科有门课的老师看过源代码。他当着本科生的面吐槽过其中算双电子积分的代码写得不好。

这个老师曾经在为学校购买g09时把当时国内的代理商干的欺上瞒下的事情捅出来，代价仅仅是去上海花了两千元诉讼费。他在那个代理商失去代理资格后向高斯公司购买g09，高斯公司在美国的价格的基础之上还给他打了个折扣，净结果是为学校省了很多钱，他对此事颇为得意。

Warm_Cloud

ORCA_in_TCC 发表于 2015-2-1 13:39
Gaussian09的源代码远比一般的量化程序写得艰涩难懂，尽管它的输出还是不错的。

应该是把注释去掉了。

landao

beefly 发表于 2015-1-31 02:55
如果Gaussian在打包的时候加入了水印，可以查出来。

以前国外某服务器的Gaussian09.D的源代码忘了去掉 ...

哪里可以下载Gaussian09 C的源代码？

五十八

abdoman 发表于 2016-8-21 16:28
希望把例子的测算的结果汇报一下。
intel 编译比较恼火。稀奇古怪的问题

刚刚 通过了进行了tests内测试，除缺少文件外其他均通过，但是使用改版的i386.make和ia64.make效率不同 后者要高很多，和pgi没差别这个是ia64的
About to execute g09   <com/test0000.com >&amd64/test0000.log
0.001u 0.009s 0:00.15 0.0%        0+0k 0+0io 0pf+0w
About to execute g09   <com/test0001.com >&amd64/test0001.log
0.001u 0.009s 0:00.02 0.0%        0+0k 0+0io 0pf+0w
About to execute g09   <com/test0002.com >&amd64/test0002.log
0.002u 0.008s 0:00.02 0.0%        0+0k 0+0io 0pf+0w
i386的比这个慢一些
我使用者 make -j4 来make的

abdoman

希望把例子的测算的结果汇报一下。
intel 编译比较恼火。稀奇古怪的问题

五十八

上半年编译了g09 E01 发现直接能用intel 不用改哈哈哈 下面这个文件就写着哈哈哈

smutao

ruixif 发表于 2016-1-6 01:41
你这样改IA-64对应的makefile是不行的，处理器架构就不一样。最后编译出来算不对也是正常的。你要是真想用I ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2082

ruixif

你这样改IA-64对应的makefile是不行的，处理器架构就不一样。最后编译出来算不对也是正常的。你要是真想用INTEL编译器编译，要去改i386.make.因为Gaussian公司自己懒，不肯再写一个x86_64的makefile，于是就把i386拿来加了点x86_64的feature直接用了。效率估计也就呵呵了。

smutao

RUNCC = gcc

这个地方感觉不太对啊 怎么用到的是gnu的编译器？

ORCA_in_TCC

我在天朝，同样不传播，你懂得！

smutao

ORCA_in_TCC 发表于 2015-3-7 14:35
天朝目前为止有两个组有源代码。

我在美國 有源代碼
但不傳播

ORCA_in_TCC

smutao 发表于 2015-3-6 15:09
國內不賣源代碼

天朝目前为止有两个组有源代码。