溶剂化模型选择求助

小和尚

对于离子体系，我选用IEFPCM模型进行单点计算，但是得到的结果与气体的相反。请问选用什么溶剂化模型比较合适？谢谢

wugaiyan

Smes 发表于 2021-4-21 09:06
老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

你好，请问您是用oniom分层优化xian式溶剂吗？请问分两层的话，中心是溶质分子，low层是包裹的溶剂分子，low层在优化过程中固定住吗？

Smes

sobereva 发表于 2021-6-5 14:12
参考

谢谢老师

sobereva

Smes 发表于 2021-6-5 12:35
谢谢老师，那么在杂化溶剂模型(或者显示溶剂模型)中计算溶解自由能岂不是带有其他显性水的能量吗？在杂化 ...

参考

Smes

sobereva 发表于 2021-4-21 15:30
是

只考虑显式溶剂分子，不同时使用隐式溶剂模型

谢谢老师

Smes

喵星大佬 发表于 2021-4-21 12:24
是

周期性边界条件下加满所有水

谢谢老师，那么在杂化溶剂模型(或者显示溶剂模型)中计算溶解自由能岂不是带有其他显性水的能量吗？在杂化溶剂模型中如何计算溶解自由能呢

sobereva

Smes 发表于 2021-4-21 09:06
老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

是

只考虑显式溶剂分子，不同时使用隐式溶剂模型

喵星大佬

Smes 发表于 2021-4-21 09:06
老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

是

周期性边界条件下加满所有水

Smes

sobereva 发表于 2015-1-30 12:30
既然周围加了水分子，那就不叫气相了。如果是指加了水分子后在真空下作为团簇计算，那么这么做不合理，应 ...

老师如果在加显式水的情况下同时使用PCM模型是不是杂化模型啊？那真正的显示溶剂模型是怎么样的啊

小和尚

sobereva 发表于 2015-1-31 01:23
不是最合理的，更外面的水还是应当用隐式溶剂模型来表现。
但既然你已经都做了，那就继续那样吧。只要你 ...

谢谢~~

sobereva

小和尚 发表于 2015-1-30 23:25
加水分子在真空下计算不合理吗？那是不是意味着我之前的工作都的得在水体系里优化才行？

不是最合理的，更外面的水还是应当用隐式溶剂模型来表现。
但既然你已经都做了，那就继续那样吧。只要你包满了一层，还算勉强能接受

小和尚

sobereva 发表于 2015-1-30 12:30
既然周围加了水分子，那就不叫气相了。如果是指加了水分子后在真空下作为团簇计算，那么这么做不合理，应 ...

加水分子在真空下计算不合理吗？那是不是意味着我之前的工作都的得在水体系里优化才行？

sobereva

小和尚 发表于 2015-1-30 11:51
sob老师，我是在分子周围加了一定的水分子，在气相中进行结构优化。然后做溶剂化单点计算能量。但是，采 ...

既然周围加了水分子，那就不叫气相了。如果是指加了水分子后在真空下作为团簇计算，那么这么做不合理，应当同时用PCM模型。

用和不用溶剂模型，导致两个物质能量高低顺序发生变化是正常的，极性溶剂会使得极性，尤其是带电体系稳定化。你算的是离子体系，显然溶剂下能量会比气相下低得多。

卡开发发

小和尚 发表于 2015-1-30 11:52
谢谢建议啊，但是，计算机不给力啊，不是专业做计算的，没有办法直接在溶剂里做优化。

一般不做SCIPCM的话应该不会很慢吧，原则上计算量不会很大，除非结构比较难收敛。

小和尚

卡开发发 发表于 2015-1-30 07:41
在Sob前辈的基础上做个补充，如果你只是进行IEPCM的单点计算，而结构保持气态的结构，这样的结果是不太物理 ...

谢谢建议啊，但是，计算机不给力啊，不是专业做计算的，没有办法直接在溶剂里做优化。