本帖最后由 brothers 于 2016-10-26 09:32 编辑
这里只讲自定义基组和赝势时的注意事项，假设你已经懂了gamess其它格式。 最权威的例子是帮助文档23页的示例。本帖尽量保持正确，如有错讹，请不吝指教。
软件为Gamess13， Windows版64位。 假设这样一个体系，含有Pt，H，H三个原子。对Pt使用自定义赝势基组。 为了使用自定义基组，首先要在$basis basnam 下为每个原子指定一个标识（与gamess关键词不重复的），比如对Pt和两个H分别定义为metal, ligH, ligH。注意这个标识的拼写是无关紧要的。比如你可以定义zhangsan，lisi，wanglaowu…..。这部分结构如下： $basis basnam(1)=metal, ligH,ligH $end ！注意每个原子都要定义，比如两个H，在basnam中定义ligH时需要重复两次。 ！帮助文档第23页那个例子，metal后面有个空格，删掉也不打紧。 ！定义完basnam，紧跟着是一个$data $end块，里面需要提供标题，对称性，分子结构等信息。 ！紧跟在$data $end块后面定义基组的具体内容！！！ $data Title 对称性（！分子的对称性 ） 空行 （! 注意，一般情况下，对称性与分子结构之间需要一个空行；若对称性指定为C1，这里不需要空行 ） 分子结构 $end ！之后不要用$data了 ！下面开始自定义基组，基组的定义顺序不要求与basnam中原子的定义顺序一致 $metal ！Pt的基组，可以自定义（从网上复制过来），也可以是gamess内嵌的 基组内容 空行 $end ！注意$end前面需要空行 $ligH ！H的基组。与basnam定义格式（两个ligH）不同，基组定义时，只需要给出一次$ligH即可。 基组内容 空行 $end ！再下面需要指定赝势。注意$control部分需要有使用赝势的关键词~~本人用两个原子的输入文件测试发现赝势的指定顺序也没有必要与basnam或与分子说明部分的顺序一致，但是一致总是没错的 $ecp Pt-ecp xxxxxx ！注意这里-ecp前需要直接指明元素符号Pt或H，不要使用之前basnam部分定义的metal或ligH。赝势可以是gamess内嵌的，也可以是网站上copy来的。要注意赝势大小，gamess不支持h及更高的角动量，如果赝势里有h角动量，需要手动删除。 H-ecp none H-ecp none ！没有赝势的原子也必须全部列出，指明为none。如果有100个H原子，恭喜你，必须全部列出来 ！这里不要空行了（空行了好像也没有影响….醉了...为了安全，还是按照官方的例子来吧，不要空行） $end
注意：本文所涉及的几个顺序问题，比如basnam的定义顺序，分子说明中的原子顺序，基组定义顺序，赝势定义顺序等，在普通计算中也许不那么重要，但是在某些特殊计算中，比如能量分解中，是必须百倍小心的。不管怎样，全都按照相同顺序写总是没错的。
到这里就over了~~只要注意，一定不会有问题；如果有问题，请仔细阅读错误报告~~实在解决不了再发帖提问
13楼是beefly大神的回复，帮大家附在后面，免得忘了看。
metal与逗号之间的空格不影响读入，这是fortran读入namelist的习惯。gamess的输入格式采用伪namelist机制，也延续了这个习惯。
早先的版本，可以在官方提供的运行脚本里指定外部基组文件，然后在$BASIS里直接引用自定义的基组名就可以了。但是2013版以后的运行脚本去掉了此功能，改为本文介绍的方法，我感觉反而更繁琐。建议找个旧版的gamess，把rungms用旧的替代；或者研究一下旧rungms是怎么写的，把外部基组文件的功能加上。不过即便是旧的方法，依然很罗嗦。
ecp中的原子顺序必须和坐标里的一致，注意这个坐标是打印在输出文件的坐标，不是输入文件的坐标部分。存在对称等价原子的情况下，两者是不一样的，前者比后者的原子数多。如果自定义ECP，只能在对称等价原子首次出现的时候定义ECP，其余的等价原子保留一行，但-ECP之后什么也不写。......每次自定义基组的时候，都想把这部分代码的作者拉出来暴打一顿。 |
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发表于 Post on 2015-2-2 21:22:19
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发表于 Post on 2015-2-3 04:59:56
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