求氧化石墨烯CIF

小书童 · 发表于 Post on 2017-12-2 12:58:59

如题，求助氧化石墨烯的构建方法或氧化石墨烯的CIF文件，希望各位前辈帮帮忙。

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-27 23:52:35

本帖最后由 student0618 于 2025-12-28 00:11 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-27 23:39
在StackExchange上也有个相似问题Building model of Graphene Oxide，看了下里面链接的几个答案在这里还没 ...

我用过GOPY，它有个好处是还给了个搞Amber拓朴的教程，resname atomname 分清楚 (不过它的示例力场文件没优化，我不敢用)。
我没用Amber力场，用来套文献找的charmm参数跑gmx x2top也很方便。(那项目因一些原因需要用charmm系列力场)

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-12-27 23:39:34

在StackExchange上也有个相似问题Building model of Graphene Oxide，看了下里面链接的几个答案在这里还没有提过，所以复制粘贴一下（暂时还没用过，有很多基于python的工具大概可以用miniconda之类管理环境与依赖）：
https://github.com/Iourarum/GOPY（依赖python 3）
https://github.com/velocirobbie/make-graphitics（依赖python 2）
https://github.com/fxcoudert/cit ... t_NatureCommun_2020（文献Nature Commun., 2020, 11, 1566的补充材料也有几个预制的结构）

PoorChaos · 发表于 Post on 2023-10-10 15:17:40

本帖最后由 PoorChaos 于 2023-10-10 15:19 编辑

氧化石墨烯的结构与建模
哲●科●文Jerkwin的，网页版的，我试了一下，建立了，直接生成gro坐标
https://jerkwin.github.io/gmxtools/model/graphene.html

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2022-12-22 16:39:51

函数与激情发表于 2021-8-21 23:34
老师您好，我用您回复中的第二个网站GOgenerator.py建立GO结构，按照图中添加修饰基团，但是保存下来的xy ...

你好，请问如何使用GOgenerator.py？原作者没有写使用说明，请问你是如何运行图中的哪一步的？

函数与激情 · 发表于 Post on 2021-8-21 23:34:19

本帖最后由函数与激情于 2021-8-21 23:36 编辑

sobereva 发表于 2021-3-26 10:19
根本不需要M$
现成的氧化石墨烯构建工具
https://github.com/aruth2/GOMonteCarlo

老师您好，我用您回复中的第二个网站GOgenerator.py建立GO结构，按照图中添加修饰基团，但是保存下来的xyz结构却是纯的石墨烯结构，这是哪里操作有问题呢？谢谢sob老师！

顺利毕业发paper · 发表于 Post on 2021-5-23 22:17:55

sobereva 发表于 2021-5-22 16:57
我从来不用M$跑动力学，太不灵活，还太慢，还太贵

好的。谢谢您

gog · 发表于 Post on 2021-5-23 19:01:12

GO的结构，随着氧化程度的不同而有区别。换个表达：GO的结构不唯一。

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-22 16:57:18

顺利毕业发paper 发表于 2021-5-21 15:16
谢谢回复！我还有个问题想请教一下，MS中我想分析某离子与水分子在不同区域内的RDF，比如先看该离子在溶 ...

我从来不用M$跑动力学，太不灵活，还太慢，还太贵

顺利毕业发paper · 发表于 Post on 2021-5-21 15:16:33

sobereva 发表于 2021-3-26 10:19
根本不需要M$
现成的氧化石墨烯构建工具
https://github.com/aruth2/GOMonteCarlo

谢谢回复！我还有个问题想请教一下，MS中我想分析某离子与水分子在不同区域内的RDF，比如先看该离子在溶液体系中跟水的RDF，然后离子从溶液运动到膜内，我想再求在膜中它与水的RDF，不知道这样可不可以做出来？怎么操作呢。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-26 10:19:41

顺利毕业发paper 发表于 2021-3-26 10:13
您好，请问您当初构建氧化石墨烯的时候有用MS吗？有的话有没有编写的脚本呢？

顺利毕业发paper · 发表于 Post on 2021-3-26 10:13:42

您好，请问您当初构建氧化石墨烯的时候有用MS吗？有的话有没有编写的脚本呢？

灰天皮匠 · 发表于 Post on 2018-7-12 21:53:18

sobereva 发表于 2017-12-3 00:56
建石墨烯的工具一大堆，VMD的插件、nanotube modeler、MS等等。建个尺寸合适的，之后自己恰当修改成期望的 ...

请教sob老师，我在建模氧化还原石墨烯时需要考虑掺杂原子和C原子数目的比例，扩胞时能否设置为14*7*1这种？晶格参数a:b=2:1与a=b区别在哪里呢？刚入门的菜鸟，不知道这是不是基础性知识= =

wang7303zheng · 发表于 Post on 2018-1-24 17:44:51

请问注册表问题如何解决呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-3 00:56:44

建石墨烯的工具一大堆，VMD的插件、nanotube modeler、M$等等。建个尺寸合适的，之后自己恰当修改成期望的氧化石墨烯状态。这个不会有cif文件的

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[综合讨论] 求氧化石墨烯CIF