求amber相关力场或者opls力场各种离子的力场参数

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-12-28 11:18:42

请问各位老师，amber相关力场或者opls力场中有一些离子的参数么？比如铁离子，铝离子，或者更不常见的铋离子？还有碘离子溴离子等卤系、硫酸根离子的么？是否可以添加离子参数？有没有可靠性，谢谢！

zdworld · 发表于 Post on 2023-8-4 20:52:05

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

请问楼主会算了吗

690581905 · 发表于 Post on 2022-6-1 08:54:42

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

老师，我想问一下，在这个itp文件里的角的势函数5在gromacs里找不到，在库里的势函数都是1，该怎么解决

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-14 11:40:21

本帖最后由牧生于 2022-5-14 12:45 编辑

①JPCB这篇文章开发的高价金属离子的参数，分别给了TIP3P，spce，tip4pew水模型下的参数，这些值有一些差别。。那我如果用别的水模型的时候，比如opc，或者tip4p-ice，那我该选用哪个参数呢？

② 一些阴离子的参数，比如 amber力场下的ions.itp没有BR，但是ffnonbonded.itp里面有BR的参数，看起来像是溴离子的参数。那么，我在ions.itp里面添加如下内容，就是添加了溴离子吧？？就可以直接include吗
[ moleculetype ]
; molname    nrexcl
BR             1

[ atoms ]
; id at type       res nr  residu name    at name  cg nr  charge
1    Br             1    BR             BR    1    -1.00000

HZW · 发表于 Post on 2021-2-16 16:41:32

好的，谢谢卢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-16 08:08:14

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

panernie · 发表于 Post on 2021-2-11 11:19:29

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

https://jerkwin.github.io/gmxtool/calc/calc.html 使用在线计算工具中VDW参数计算看看

HZW · 发表于 Post on 2021-2-11 00:36:37

但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

HZW · 发表于 Post on 2021-2-11 00:33:57

是的，，gromacs力场包就是按照nm和kJ/mol

k64_cc · 发表于 Post on 2021-2-10 13:23:21

HZW 发表于 2021-2-10 11:09
好的，谢谢付博

我怎么记得GMX默认是nm和kJ/mol……ambertools里面用的倒是A和kcal

HZW · 发表于 Post on 2021-2-10 11:09:56

好的，谢谢付博

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-2-10 01:58:38

HZW 发表于 2021-2-9 15:36
付博。请问修改gromacs下的amber99sb_parmbsc1力场包下的离子参数sigma 和 epsilon的单位是以Å ...

不太熟悉gmx，你多找几个格式的参数文件对比确认一下，或者直接用parmed转格式

HZW · 发表于 Post on 2021-2-9 15:36:51

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

付博。请问修改gromacs下的amber99sb_parmbsc1力场包下的离子参数sigma 和 epsilon的单位是以Å和kcal/mol来修改吗？

rice · 发表于 Post on 2020-4-18 15:29:29

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

您好，我看您贴出来的文献，是关于amber力场的，请问有OPLS力场的金属离子的力场文献么，如有，麻烦告知一下，谢谢

苏玖染 · 发表于 Post on 2018-5-28 08:45:13

sobereva 发表于 2018-5-28 01:06
配位作用一般需要bond项连接，否则光靠原子电荷对应的静电相互作用描述的话，一般很难维持住

好的，谢谢sob老师

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