计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16368|回复 Reply: 16
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 分子的亲疏水性问题

[复制链接 Copy URL]

53

帖子

0

威望

668

eV
积分
721

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请教下对于一个分子可以通过量子化学计算或者分析哪些定量性质得到其亲疏水性?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2022-9-16 23:41:40 | 只看该作者 Only view this author
兰兰爱学习 发表于 2022-9-16 18:44
老师好想请教一下 想要衡量主链是亲水 或者侧链是亲水 静电势表征如何去给它划分开呢?

看主链和侧链部分静电势统计特征,参考
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html
没有唯一划分标准,标准自己定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

83

帖子

0

威望

647

eV
积分
730

Level 4 (黑子)

16#
发表于 Post on 2022-9-16 18:44:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-19 16:50
对小分子,偶极矩越大,亲水性越强,姑且可以这么说,但是对于大分子,偶极矩已经没法对体系电荷分布特征 ...

老师好想请教一下 想要衡量主链是亲水 或者侧链是亲水 静电势表征如何去给它划分开呢?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2018-8-19 16:50:04 | 只看该作者 Only view this author
Chenglong_li 发表于 2018-8-19 16:06
除了LogP, cLogP之外,不知 偶极矩 能否反映分子极性及亲疏水/油性?

对小分子,偶极矩越大,亲水性越强,姑且可以这么说,但是对于大分子,偶极矩已经没法对体系电荷分布特征予以定性合理地描述,显然就不适合了,此时应当用分子表面静电势分布特征来考察。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

62

帖子

0

威望

559

eV
积分
621

Level 4 (黑子)

14#
发表于 Post on 2018-8-19 16:06:49 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
除了LogP, cLogP之外,不知 偶极矩 能否反映分子极性及亲疏水/油性?

201

帖子

0

威望

3525

eV
积分
3726

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2018-6-26 09:35:39 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师回复,已搜到,是分配系数。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2018-6-25 13:28:01 | 只看该作者 Only view this author
1130240115 发表于 2018-6-24 22:16
老师,请问您这里的logP是指什么物理量?

一google马上就有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

201

帖子

0

威望

3525

eV
积分
3726

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2018-6-24 22:16:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问您这里的logP是指什么物理量?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2018-6-24 13:25:23 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-24 12:59
嗯嗯,中间极性N呢,为什么还有N0呢?
老师,我的意思是比较含有多种粒子的颗粒之间的亲水性,比如都含C ...

数目不同就根据数目权重平均
粒子定义看原文就知道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

90

帖子

0

威望

330

eV
积分
420

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2018-6-24 12:59:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-24 12:51
先按照字母划分粒子特征,然后再根据1-5对粒子进一步划分极性强弱
比如Q这种带电粒子,肯定亲水性远高 ...

嗯嗯,中间极性N呢,为什么还有N0呢?
老师,我的意思是比较含有多种粒子的颗粒之间的亲水性,比如都含C1和P4,但是所含数量不同的时候,亲疏水性的比较呢?
生活需要勇气,一定要坚持下去!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2018-6-24 12:51:20 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-24 12:14
老师,那MARTINI力场中怎么判断不同颗粒的亲水性的强弱呢?
所以亲疏水性就是取决于极性,亲疏水性强弱 ...


先按照字母划分粒子特征,然后再根据1-5对粒子进一步划分极性强弱
比如Q这种带电粒子,肯定亲水性远高于C。C里面后面数字越大亲水性越强
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

90

帖子

0

威望

330

eV
积分
420

Level 3 能力者

7#
发表于 Post on 2018-6-24 12:14:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 青青青 于 2018-6-24 12:23 编辑
sobereva 发表于 2018-6-24 11:54
我没听说过这种衡量方式。
或许你可以根据珠子数目和珠子亲水性,自己搞一个权重加和指标来判断

老师,那MARTINI力场中怎么判断不同颗粒的亲水性的强弱呢?
所以亲疏水性就是取决于极性,亲疏水性强弱就是通过极性1-5表征吧,感谢!
生活需要勇气,一定要坚持下去!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2018-6-24 11:54:34 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2018-6-24 10:33
请问老师,MARTINI力场中,如何表征一个聚合物分子的亲水性大小?
如果颗粒只用了P1珠子,可以说是强亲 ...

我没听说过这种衡量方式。
或许你可以根据珠子数目和珠子亲水性,自己搞一个权重加和指标来判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

90

帖子

0

威望

330

eV
积分
420

Level 3 能力者

5#
发表于 Post on 2018-6-24 10:33:15 | 只看该作者 Only view this author

请问老师,MARTINI力场中,如何表征一个聚合物分子的亲水性大小?
如果颗粒只用了P1珠子,可以说是强亲水颗粒。
那聚合物颗粒的itp文件由不同数量的P1和C4珠子组成,如何定量亲水性的大小呢?可以用P多少值来表征吗[img][/img]谢谢您
生活需要勇气,一定要坚持下去!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-3-17 08:22:26 | 只看该作者 Only view this author
tanghuanhgd 发表于 2018-3-17 07:58
Sob老师,可以通过计算跟水的氢键作用能吗

有正相关性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 05:02 , Processed in 0.171160 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list